資金投入不足。由於資源開發體制以及財稅體制的不盡合理，導致地方政府沒有足夠的財力支持“三農”，直接用於農業科技推廣的投入少、涉及面小。一些增產效果明顯、經濟效益好的新品種、新技術基本上局限在示範區內。目前世界上已開發國家用於農業科研推廣的經費占農業總產值的2%—4%，開發中國家平均約占1%，而我國只占0.5%，榆林市則更低，不足0.3%。全市各級農業部門裝備簡陋，監測、分析化驗等設備嚴重短缺，多數鄉鎮農技部門名存實亡，沒有固定的辦公場所，工作條件差，農業科技人員有技術、無設備，缺乏展示技能的平台，服務手段落後，工作效能受到很大制約。
財政支農資金投入過於分散。國務院發展研究中心的調查統計表明，政府對農業的投入渠道多而且亂，分散在10多個部門，約28個項目渠道，既增加了管理運行成本，又降低了農業資金投入使用效率。究其原由，一是由於資金來源分散，各級事權劃分不明確，資金使用範圍模糊。部門各自為政，缺乏有機協調，導致農業投入混亂，資金使用效益不高。二是資金分塊管理，難以形成整體合力。由於農業基礎設施、科研、生產、流通等方面的財政資金分屬不同的部門管理，造成了“撒胡椒麵”的現象，財政資金難以合理配置。三是政出多門，監督不力，農業資金流失嚴重。儘管近幾年加強了農業財政資金的制度建設，但截留、挪用支農資金的現象仍屢見不鮮。
農村經濟缺乏金融支持。一方面，金融資本集中於能源開發地區，廣大農村的資金來源渠道很窄。另一方面，金融機構在農村的撤併精簡也導致了農村資金投入不足。農民除在信用社獲得小額貸款外，在其他機構很難獲得金融支持。再則，一些涉農企業由於無資產抵押，很難獲得銀行貸款。榆林市生財農業機械科技有限公司，是陝西省“民營科技優秀企業”，先後開展了30多項農機新技術，獲國家專利6項，省、市科學技術進步獎7項，產品輻射周邊幾個省區，實用價廉供不應求。就是這樣一家企業，因沒有銀行貸款所需的固定資產抵押，在微利經營的艱難生存發展過程中，全是靠高利息與私人貸款擴大生產規模的。
（四）農副產品加工能力和農業產業化程度仍然較弱
全市從事農產品加工的企業數量雖多，但布局不合理，發展不平衡，整體水平較低。相當多的農產品加工企業與農戶只是一種鬆散的買賣關係，沒有形成長期、穩定的一體化經營。同時在加工中存在著加工初級產品、傳統產品、低檔次產品多，精深加工產品、高科技產品、名牌產品少等問題，產品缺乏市場競爭力。農村主導產業不突出，產業化程度較低。全市至今還沒有真正意義上的規模化、集約化生產基地。農產品加工企業規模小，只占總產量的30%。農業產業鏈短，產銷環節關聯度不高，還沒有一項產業形成真正意義上的產業化經營格局。
（五）農業科研與推廣體系不健全，科技成果轉化率不高
目前，市級農業科研與推廣單位有技術人員462人，縣均109人，鄉鎮均2.5人，30歲以下的僅占4%，呈“倒金字塔”式的不合理結構，不能充分發揮其職能。科技管理、農業科研和農技推廣等涉農部門仍然沿用計畫經濟下的管理模式，適應市場經濟條件下的創新體系尚未建立；農業科技成果轉化速度慢、效率低，一些成果的推廣仍然存在著點上增產增收明顯，面上不顯著的現象。