4、應該適用一般程式的，卻適用了簡易程式。這是實踐中較為常見的情形，如對超過《行政處罰法》規定罰款數額（公民處以50元以下罰款，法人或者其他組織處以1000元以下罰款）的適用簡易程式；對有沒收違法所得和非法財物的適用簡易程式。
5、違反規定當場收繳罰款。個別案件還存在不符合當場收繳罰款情形的，予以當場收繳罰款。按照《行政處罰法》規定符合當場收繳罰款的情形主要是：（1）依法給予二十元以下罰款的；（2）不當場收繳事後難以執行的；（3）在邊遠、水上、交通不便地區，行政機關及其執法人員作出罰款決定後，當事人向指定的銀行繳納罰款確有困難，經當事人提出，行政機關及其執法人員可以當場收繳罰款。
（三）部分案件事實不夠清楚，證據不夠充分
個別案件的違法事實中缺少違法時間及涉案的數量、貨值、違法所得等要素；有的執法人員重視對當事人的調查詢問而忽略了對原始書證、物證的收集與固定；部分案件當事人身份不清，反映當事人情況的身份證、藥品經營許可證、醫療機構執業許可證、營業執照等沒有被收集進入證據；收集的證據和違法事實之間缺乏相關性。
（四）法律文書製作不規範
從當前的行政處罰案件來看，事實、證據、程式方面的問題都是個別性的，最主要的就是法律文書製作方面，也是執法人員最容易忽視的，常見的主要問題有：
1、執法文書中對被處罰單位（人），地址（住址），法定代表人（負責人）等括弧中的內容不根據情況作出取捨，需要劃掉的沒有劃掉。
2、案卷中沒有假劣藥品的銷毀記錄，無沒收物品的處理記錄等。
3、文書時間填寫不準確，如舉報時間為下午4：00，記錄記載4：00，準確記錄應為16：00或者下午4點，雖然並不會因此造成案件敗訴，但我局就曾遇到在訴訟過程中當事人對此提出疑問，何不避免類似問題的發生。
4、個別案件筆錄當事人未簽署對筆錄的真實性意見。
5、先行登記保存物品審批表，保存物品只填寫“藥品”，沒有寫明藥品名稱。筆錄“監督檢查類別”填寫不準確，如日常監管、藥品等等。
6、個別案件文書書寫時把定性為“劣藥”與“按劣藥論處”相混淆。
二、降低執法風險的思考
作為藥品監督執法機關和執法人員，在行政處罰案件中，要想降低執法風險或者立於不敗之地，就應當爭取使每一個行政處罰案件都辦成“鐵案”。對此，我們應該認真把握以下幾點。
一、證據確鑿，收集完整
證據是證明案件真實性情況的一切事實。其種類有①書證；②物證；③視聽資料；④人證證言；⑤當事人的陳述；⑥鑑定結論；⑦勘驗記錄，現場筆錄。確鑿的證據既是行政機關認定當事人違法事實並實施行政處罰的重要保證，又是降低行政機關執法風險的關鍵要素。證據不確鑿，行政處罰必定就有風險。證據一般分為：①常規類，如現場檢查筆錄等；②核心類，如從非法渠道購進藥品的“渠道”資質證明，如假劣藥品的檢驗報告等；③佐證類，如證人證言、發票台帳等。收集證據時，一定要注意和把握證據收集的合法性、合理性以及證明力。第一，證據的合法性。一是要注意證據來源的合法性。不能非法取證，不能以網站、報刊文章和非法定數據作為依據或證據。二是要注重取證程式的合法性。一方面先行登記保存的物品，資料既要注重法定時限，又要注重內部事前審批及時限。另一方面，進入司法程式後，不能擅自再行取證和補充證據。三是要注重資料收集的合法性。勘驗筆錄（現場檢查筆錄），證人證言（調查筆錄），書證（發票、台帳等）要當事人簽字、蓋章、指印及具有行政處罰資格的兩名執法人員簽字等。第二，證據的關聯性。一是證據之間必須具備關聯性，組合在一起時形成嚴密的證據鏈條。二是所有證據都必須經得起邏輯推理，特別是證言中不能出現彼此矛盾的或者不同的結論。三是證據要符合客觀實際，要在眾多證據中篩選提煉出與案情有內在聯繫的主要證據和直接證據，不要以為證據越多越好。第三，證據的證明力。一是必須有滿足處罰定性的核心證明，如處罰制售假劣藥品案件，必經載明藥品檢驗機構的質量檢驗結果，但《藥品管理法》第四十八條第二款第（一）、（二）、（五）、（六）項和第四十九條第三款規定的情形除外。二是證明案件客觀事實的關鍵證據，在調查取證過程中，無論是證人證言、書證物證，還是勘驗筆錄、鑑定結論等，都要圍繞違法案件過程的事實蒐集富有證明力的證據。