絕大部分指標依據日常工作落實情況得出結果，如免疫規劃接種調查吻合率、孕產婦系統管理率、兒童系統管理率由每季度的調查結果確定，衛生服務質量由每年的兩次外部評價結果確定；部分指標根據日常管理確定；只有基本衛生服務滿意度、基本衛生服務滿足度等少部分指標需要通過年終考核時通過問卷調查確定。採用核心指標考核，考核工作量大大減少，考核分值的隨意性降低。
三是績效薪金納入所在鄉鎮衛生院的年度支出預算，年底經考核、審定後一次性兌現。
（三）體現院長經營成效的獎勵薪金。根據對經營成效指標的百分制量化考核結果，結合工作業績、經營結餘等情況，由區衛生局審定。經營成效指標考核得分在70分以下的鄉鎮衛生院院長，不享受獎勵薪金。一是用對核心指標進行考核的辦法來考核院長經營成效。經營成效核心指標3個，即鄉鎮衛生院年度收支預算實現情況、職工收入較上年增長情況、鄉鎮衛生院人均年度經營結餘。3個核心指標分別確定了分值，共100分。經營成效核心指標由鄉鎮衛生院會計中心年終決算和局規財科的審計結果為準。二是獎勵薪金從所在鄉鎮衛生院年度經營結餘中列支，年終經考核、審定後一次兌現。
三、制定考核實施細則使年薪制考核制度化我們出台鄉鎮衛生院院長年薪制實施辦法的同時，制定了鄉鎮衛生院院長年薪制考核實施細則，對每個核心指標的具體考核辦法進行了細化，作為鄉鎮衛生院院長年度工作業績和經營成效核心指標的考核依據。鄉鎮衛生院院長年度工作業績和經營成效考核工作在局黨組的領導下進行，考核結果和鄉鎮衛生院院長的績效薪金、獎勵薪金由局黨組審定。