從鄉村來講，鄉級防疫人員中沒有一名全日制大專學生沒有一個是中級職稱，基本素質不高，工資待遇低，財政只負擔基礎工資，津補貼未落實，要靠業務收入補充，衛生院對防保的投入仍然不足。由於鄉鎮衛生院嚴重缺編，部分鄉鎮衛生院防保人員不能專職專乾 ，兼職過多，致使防保工作大打折扣，工作任務不能按時完成。按照安康市衛生局關於鄉鎮防保人員配置的指導意見要求，鄉鎮衛生院應按1-2/萬人的比例配備防疫人員，而目前25個鄉鎮當中有10個鄉鎮防疫專乾是臨時聘請人員，防保人員不能保持相對穩定。村級防保網網底不牢，作用發揮不夠。全縣村級防保人員246名，有33個村防疫人員年齡在60歲以上，占13.4%，50歲以上的有68人，占28%，接受新知識、新技術的能力較差，各種資料報表不能按時按操作規範要求收集、填報，處置突發事件反應不迅速，措施不力；有12個的村無村衛生室，只有村防疫員，報酬很低，工作積極性不高，想乾就乾，不乾隨時可以放下，致使防保工作存在死角。
（四）衛生設備老化，且數量不足。縣、鄉、村級的冷鏈設備是1997年衛生項目配備的，有的已損壞，有的已維修多次，在雙安我們看到，村防疫員用的冷鏈包，外面用棉花裹了幾層，根本不能保證疫苗的效價，而現在又將過去的“七苗防九病”提高到“十一苗防十二病”，疫苗增加了，冷鏈設備根本難以適應當前工作需要。
原配備給各鄉鎮衛生院的電腦，全部是128mb的記憶體，大部分面臨淘汰報廢，衛生部要求要將兒童預防接種的信息資料全部錄入電腦，並按時上傳衛生部，此軟體要求電腦配置必須是256mb以上記憶體，否則，軟體無法安裝和正常使用，造成此項工作無法開展。
（五）重點傳染病呈上升趨勢。據不完全統計XX年元月-12月，全縣共報告傳染病1093例，發病率為321.5/10萬，與XX年966例相比上升12.42%。從表一可以看出，位列我縣傳染病前五位的是肺結核、B肝、流行性腮腺炎，手足口病，其它感染性腹瀉。發病上升的病種是肺結核、梅毒、愛滋病、腮腺炎，而肺結核發病我縣去年共739例，分布在全縣25個鄉鎮，城關鎮發病110例，蒿坪鎮發病74例，是我縣的重點區。在調研中有代表反映這僅只是發病後在醫院看病進行的門診統計 ，這些區域沒有進行全面體檢篩查，其絕對數要大大高於統計數。其次是愛滋病呈擴散漫延趨勢，據調研統計，我縣hiv累計30例，居全市第一位，累計死亡17例，現有5例在接受治療，外出2例，餘下6名未達到治療標準。其中XX年發現愛滋患者10人，檢測重點人群500人（6名髮廊服務人員，發現感染者3例），試想，我縣號稱有8萬務工大軍，這些應是傳染病擴散高危人群，他們沒有進行過體檢篩查，但他們當中肯定有一部分人已是感染者。根據傳染病發病規律，此問題遲早會暴露出來。另外，一般性傳染病如：腮腺炎，水痘等時有發生，多次的疫情警示，我縣的疫控工作面臨著嚴峻的形勢，應引起決策層面的高度重視。
（六）流動人口兒童防疫接種困難。我縣近年流動人口不斷增多。一方面，這部分人往往是傳染病高危人群，是結核病、hiv、性病等傳染病的高發人群，其子女由於跟隨父母到處流動，導致很多應接種兒童未接種疫苗，存在很大安全隱患。