（五）農機專業合作社發展迅速，但規範化建設問題突出。一是農業機械的所有者與經營者分離，難以實現農業機械的合理利用與有效保護。農民專業合作社在組建與運作當中，有部分農民是以資金形式入股，有很大部分農民是以農業機械的形式入社的，社員將農業機械投入合作社，由合作社來經營，社員獲得分紅，社員仍是農業機械的擁有者，而合作社則是農業機械的經營者，也就是說，在某種程度上農業機械的所有者與經營者是分離的，就可能使社員投入的農業機械難以得到合理的利用與有效的保護。二是農機專業合作社管理鬆散，責權利不夠明確。有的鄉鎮雖然建設發展了幾個農機專業合作社，但僅僅是農民社員的一些農業機械的暫時聯合，沒有形成股份合作，利益共享，風險共擔的經濟實體。有的農機專業合作社沒有選好領頭人，而是開個會、掛完牌子就了事。有的是想通過農機專業合作社，享受國家的優惠政策。三是農機專業合作社內部制度不健全，不落實。據了解，有個別的農機專業合作社沒有建立完善的各項規章制度。有的雖然制定了一些規章制度，但沒有貫徹落實執行。四是農機專業合作社的發展壯大與現實條件存在差異。 (一)是農機專合作社融資難。現在農業機械動輒上萬，雖然國家有一定補貼，但是資金占用量還是比較大，合作社要發展壯大，必須要資金添置機具設備，而合作社的融資渠道只有兩條，一是農戶股金（這是有限的），二是貸款（這是很有限度的），可是這兩條渠道都難以滿足發展的需要。(二)是作業條件改善難。我國目前實行的土地家庭聯產承包責任制，雖然土地流轉政策將土地的集約化程度提高，土地整理將土地的機械化作業條件改善，但是這些還只是示範性的，農田水利基本建設的條件並未完全從根本上得到全面改善，要實現農民專業合作社的社會化大生產，作業條件的改善，還有大量的工作要做。(三)是管理、技術、服務水平提升難。雖然政府出台了各項政策鼓勵和發展農民專業合作社，要增強合作社的凝聚力、吸引力、感召力，但是，如何來增強，具體怎么做，卻沒有答案。而目前農民專業合作社運作的實際是依託農機大戶，組織一些農機戶，聚合一些農機具，搞一些服務,農機的利用率補足，社會化服務水平較低，直接影響了農機的經營效益。
（六）農機與農藝不相適應。目前農機化發展的技術瓶頸問題，反映在農機與農藝的結合程度方面。農民受傳統的種植習慣影響較深，農作物的種植品種、規格不統一，相鄰地塊不能同時連續收割，尤其是地塊零散，經營規模小，直接影響了大型機具作業，大機械與小地塊的矛盾仍十分突出。
三、農機科學發展對策
（一）建立科學發展新格局。一是立足大農業，發展大農機。統籌兼顧，科學發展，以產業化帶動機械化，確保健康、快捷、可持續的發展。二是合理規劃，分類指導。充分發揮政府及職能部門的規劃指導、技術服務、資金投入和組織協調等方面的引導作用。農業生產方面，現階段要以推廣玉米聯合收割機為重點，增加機具配套比，實施機械化精細作業，促進農業進一步節本增效。不斷拓寬農機化服務領域，適應農業產業結構調整需要。三是引導農民，積極參與。農民是農機投入和使用的主體，充分尊重農民的意願，切實調動農民購買農業機械和開展農機服務的積極性，採取全方位的管理措施，大力培育和發展農機合作社，提供農機利用率、作業效率、和經濟效益。