2、普查員選調難，業務培訓效果較差。一是人員選調難。水利普查工作量大、任務繁重。此次試點抽調的普查指導員和普查員基本來自水利局和大學生村官，幾乎集中水利局的全部人力，大學生村官更是全部參與，導致很多日常工作處於停滯狀態。本次試點，工作時間短，普查指導員和普查員可以暫時放棄日常工作，全力投入到試點中。但正式普查規模大，時間跨度長，僅從水利局選調人員難於滿足普查需要，必需要擴大從機關、企事業單位、社會和高校中選調普查員比例。正式普查時人員如何抽調，是各級普查辦公室面臨的主要問題之一；二是兩員選調要突出責任心。指標的理解程度固然重要，但責任心才是關鍵。年輕有文化與文化程度不高但熟悉當地情況，是選調兩員不可或缺的因素。但通過試點我們認為兩員素質和責任心才是確保普查質量的最重要因素。試點中我們感到，不熟悉當地情況是相對的，可以採取其他措施來解決，如應選調一部分當地村幹部作為陪調人員。而責任心和素質達不到要求，將會制約普查登記的數據質量；三是人員固定難保證。選調普查員、普查指導員時，一定要充分考慮到人員因種種原因不能到位等因素，留有餘地。從這次試點工作情況看，“兩員”按照普查數量選調，工作任務繁重，富餘人員很少，幾乎就是“一個蘿蔔一個坑”， 工作開展後經常出現人員不到位、補充不及時等情況。因此，今後兩員選調中，應要求5-10%的人員儲備，以防止因各種原因變動，從而導致普查員不足的被動局面出現；四是普查指導員的選調要求一定要高於普查員。普查指導員要具備一定工作經驗和組織協調能力，能獨立處理普查工作中遇到的常見情況和問題。同時應先於普查員選調，在培訓前就應明確哪些人是普查指導員，不能在培訓後再行區分。這樣有利於普查指導員在今後普查工作中指導、組織普查員工作，增強普查指導員對普查員的指導和協調作用；五是培訓效果較差。本次試點中，由於普查指導員和普查員合在一起培訓，時間不足，教材統一，培訓內容既交叉又重複，普查員與指導員工作職責模糊不清。培訓過程過於注重理論解讀，沒有實際案例講解分析，可操作性內容不多，沒有對文明禮儀方面的內容進行講解。調查的技巧、普查表填表規則等方面的講解過於簡單，培訓既不到位，效果也差強人意。今後，要延長培訓時間，並對普查指導員、普查員分開培訓，培訓教材要有針對性，區別各自職責和工作內容，教材內容要簡單明了，側重於應知應會，如何操作，同時要增加普查員觀察力、判斷能力、調查技巧、文明禮儀等方面的培訓內容。
3、各部門協調不到位。水利普查是一項系統工程，需要各部門之間的相互配合，通力協作，但縣普查辦在普查工作過程中收集個別部門資料數據卻非常艱難，有時奔波數趟都拿不到資料，建議下一步上級部門進行綜合協調。
4、普查資金不能及時到位。由於本次水利普查工作量大，投入人員多，購置新設備多，需要大量資金來開展工作，但上級普查經費不能按時落實，給普查工作造成了一定困難。建議普查工作正式開始後，要先行下發普查經費。
5、地下水取水井專項普查存在問題。一是鄉鎮道路多數未命名，在填寫水井具體位置時，無具體格式，填寫方式多種多樣；二是對機電供水井普查表中的地下水類型的選擇存有異議，概念不清；三是多數機電井的水泵深埋地下，或時間已久或管理人員更換，對水泵型號無從考證，造成水泵型號一項無法填寫；四是普查和清查分開進行需要耗費大量的財力、物力，建議正式普查開始後，將普查和清查一起進行。