6、經濟社會用水普查存在問題。一是第三產業單位是否包括所有國家機關、事業單位、企業、村委會、居民委員會及學校，這些單位是否應全部填寫清查表；二是工業企業、建築業及第三產業單位是否只調查有組織機構代碼的單位；三是農村飲水安全工程XX年初建成投入使用的萬人以上集中供水廠，無XX年供水量及用水人口，不具有法人資格，由縣級水利部門統一管理，是否納入公共供水企業清查範圍？
7、行業能力建設普查存在問題。一是引黃灌區下屬水利所是鄉鎮最基層的水利服務機構，能否視同為鄉鎮水利站；二是p601-605表所涉及的年末從業人員合計是否包括離退休人員；三是我局下屬農村自來水廠主要承擔農村飲水安全職能，不具備獨立的法人資格，而且經拍賣後經營管理權已經交由個人，只向水利主管部門繳納大修基金，是否應該只清查不普查；四是清查中部分法人單位未辦理組織機構代碼證，而組織機構代碼為普查表的必填項目，遇此情況如此解決？
8、水利工程基本情況普查存在問題。原陽縣縣灌溉渠道分為引水渠、總乾渠、乾渠、支渠、斗渠、農渠和毛渠。灌區的引水渠是否列入引調水工程範圍內和灌區專項調查一起進行。
9、灌區專項普查存在問題。根據“灌溉面積普查表”中要求，本表要以行政村為單位並由村民委員會填寫，但是在實際工作中村民委員會由於灌區水費徵收問題填報灌溉面積少於實際灌溉面積，致使有些數據不符合實際數據，還是由普查辦結合水利所人員進行實際普查，得到實際數據。表格以行政村為單位填寫沒有考慮到實際工作中村委是否能如實上報數據。
10、河湖基本情況普查存在問題。一是河湖基本情況普查，沒有專業培訓教材，經多次諮詢省普查辦，說是河湖基本情況普查，省水文局開始工作，但各縣普查辦按“在地原則”也應該普查。如黃河在我縣境內的堤防、控導工程等縣級普查辦應普查。建議黃河由流域委通過河務局普查，避免重複普查。二是河湖開發治理保護情況普查規模以上河流名錄沒有及時下發，影響縣級普查機構工作效率。
11、軟體錄入存在漏洞。數據錄入軟體問題較多，基本上都是一邊錄入一邊改正，極大的影響了數據錄入速度。如：表q601，錄入後聯網的其他機器無法查看，下面的日期無法表示10號以後的日期；手機號碼不能完整輸入，機電井清查表同時錄入編碼錯亂等。