第一章 總 則
第一條 為規範新型農村合作醫療（以下簡稱新農合）基金財務管理，根據財政部、衛生部《新型農村合作醫療基金財務制度》，制定本辦法（以下簡稱辦法）。
第二條 本辦法適用於各區縣根據國家和本市有關規定設立的新農合基金。
第三條 本辦法所稱新農合基金（以下簡稱基金），是指通過農民個人繳納、集體扶持、政府資助、社會捐贈籌集的，用於對參合農民醫療費用進行補償的專項資金。
第四條 區縣財政部門和衛生行政部門對基金實行監督管理，並由新型農村合作醫療經辦機構（以下簡稱經辦機構）具體負責基金的日常業務管理和會計核算工作。
第五條 經辦機構基金財務管理的任務是：認真貫徹執行國家有關法律、法規和方針、政策，合理籌集和使用基金；建立健全財務管理制度，組織落實基金的計畫、核算、分析和考核工作，如實反映基金收支狀況；嚴格遵守財經紀律，加強監督和檢查，確保基金的安全。
第六條 各區縣財政部門應在社會保障基金財政專戶中設立新型農村合作醫療基金專賬（以下簡稱財政專戶），專門管理和核算基金。基金納入財政專戶，實行收支兩條線管理，專款專用。各級政府部門、單位和個人均不得擠占、挪用、借用，不得用於平衡財政預算，不得用於經辦機構人員和工作經費。
第七條 經辦機構應配備取得會計從業資格證書的專職財務會計人員。財務會計人員應按照基金財務會計制度的相關規定做好財務管理和會計核算工作，準確反映基金運行情況，監督基金的安全、有效使用。財務會計人員發生變更時，應按照有關規定做好交接工作。
第二章 基金預算
第八條 基金預算是指經辦機構根據新農合制度和管理政策編制的，經規定程式審批的年度基金財務收支計畫。
第九條 基金預算的編制。經辦機構應按照財政部門統一規定的表式、時間和編制要求，根據本年度基金預算執行情況和下年度影響基金收支的相關因素，編制下年度基金預算草案。
第十條 基金預算的審批。經辦機構編制的年度基金預算草案，由衛生行政部門審核，經同級財政部門審核並報經同級政府批准後，財政部門應在15日內及時向衛生行政部門批覆預算。衛生行政部門應在財政部門批覆預算之日起15日內將預算批覆經辦機構。
第十一條 基金預算的執行。經辦機構要嚴格按批准的預算執行，並認真分析基金的收支情況，定期向同級衛生行政部門和財政部門報告預算執行情況。區縣財政和衛生行政部門應逐級匯總上報基金預算執行情況，並加強對基金預算執行情況的監控，發現問題應立即採取措施解決。
第十二條 基金預算的調整。遇特殊情況需要調整基金預算時，經辦機構要及時編制預算調整方案，並按基金預算編制審批程式報批。
第三章 基金籌集
第十三條 基金按照有關規定按時、足額籌集。區縣政府應組織參合農民按當地繳費標準繳納參合費用。各級財政部門應根據財政補助標準和轄區內參合農民人數安排補助資金，納入同級財政年度預算並按規定程式及時辦理撥付手續。任何地方、部門、單位和個人不得截留和擅自減免。
第十四條 基金收入包括：農民個人繳費收入、農村醫療救助資助收入、集體扶持收入、政府資助收入、利息收入和其他收入。
農民個人繳費收入是指參合農民以家庭為單位，按照規定的繳費標準繳納的資金收入。
農村醫療救助資助收入是指農村醫療救助資金代資助對象繳納的參合農民個人繳費資金收入。
集體扶持收入是指鄉（鎮）、村等集體經濟組織扶持新農合的資金收入。
政府資助收入是指各級政府按照規定標準和參合農民人數資助新農合的資金收入。
利息收入是指基金存入銀行所取得的利息收入。
其他收入是指社會組織和個人對新農合的捐贈收入及經財政部門核准的其他收入。
第十五條 經辦機構一般不設立基金收入戶（以下簡稱收入戶），基金收入直接繳入財政專戶。
不具備直接繳入財政專戶條件的區縣，經辦機構可在財政部門和衛生行政部門認定的國有或國有控股商業銀行設立收入戶，並與銀行簽訂協定，明確收入戶資金月末全部劃入財政專戶。一個區縣至多開設一個收入戶。
收入戶的主要用途是：暫存尚未繳入財政專戶的各項基金收入。
收入戶除向財政專戶劃轉收入外，不得發生其他支付業務。收入戶月末無餘額。
第十六條 經辦機構收取的農民個人繳費、集體扶持資金，應於每年1月底前全部繳入區縣財政專戶。各區縣、鄉鎮財政資助資金，應於每年4月20日前撥入財政專戶。