第十七條 各區縣應於每年年初從新農合基金中提取風險基金，規模保持在當年新農合基金籌集總額的10%，主要用於彌補基金非正常超支造成的基金臨時周轉困難等。
風險基金納入區縣財政專戶管理，實行分賬核算。
第四章 基金支出
第十八條 基金支出應按照新農合制度規定的項目和標準執行，任何部門、單位和個人不得擅自增加支出項目和隨意提高補償標準。
第十九條 基金支出包括住院支出和門診支出。
基金支出是指用新農合基金支付的對參合農民醫藥費用的補償支出。其中，住院支出是指用新農合基金支付的對參合農民住院費用的補償支出，門診支出是指用新農合基金支付的對參合農民門診和健康體檢費用的補償支出。
經辦機構的人員經費、銀行手續費等工作經費不得在新農合基金中列支。
第二十條 經辦機構可在財政部門、衛生行政部門認定的國有或國有控股商業銀行設立基金支出戶（以下簡稱支出戶），但一個區縣至多開設一個支出戶。
支出戶的主要用途是：接收財政專戶撥入的基金；支付基金支出款項；暫存該賬戶的利息收入；劃撥該賬戶資金利息收入到財政專戶。
支出戶除接收財政專戶撥付的基金和該賬戶的利息收入外，不得發生其他收入業務。
支出戶除向定點醫療機構結算墊付醫藥費用、向參合農民支付補償費用和向財政專戶劃撥該賬戶資金利息外，不得發生其他支出業務。
全部補償支出實行財政專戶與醫療機構直接結算的地區，可不設支出戶。
第二十一條 衛生行政主管部門應根據財政部門核批的基金年度預算，按月填寫財政部門統一印製的用款申請書、用款申請說明檔案，並加蓋本單位公章後，於每月20日前報送同級財政部門。財政部門對用款申請審核無誤後，應在7個工作日內將基金從財政專戶撥入支出戶，或由財政專戶與定點醫療機構直接結算。
各區縣每月用款申請要與預算執行相掛鈎，當月申報支出異常增加或減少時，主管部門要在用款申請說明檔案中進行單獨說明。要研究控制支出戶存款餘額額度，避免支出戶結餘過大，造成實際支出與財政專戶支出偏差過大。
第二十二條 衛生行政主管部門及經辦機構要加強對定點醫療機構醫藥費用的監管，及時結算定點醫療機構墊付的醫藥費用。探索通過採取單病種付費、費用總額預付、預付制與後付制相結合等措施，控制醫藥費用支出、提高基金使用效益。
第五章 基金結餘
第二十三條 基金結餘是指新農合基金收支相抵後的期末餘額。
第二十四條 基金管理應遵循以收定支、收支平衡、略有結餘的原則。
新農合基金累計結餘一般應不超過當年籌集基金總額的25%，其中當年基金結餘一般應不超過當年籌集基金總額的15%（含風險基金）。
各級政府部門，單位和個人不得動用基金結餘進行其他任何形式的投資。
第二十五條 基金當年入不敷出時，按下列順序解決：
（一）動用新農合基金歷年結餘；
（二）按程式申請動用風險基金；
（三）經區縣人民政府批准的其他資金渠道。
第六章 財政專戶
第二十六條 本辦法所指的財政專戶是指區縣財政部門按規定在社會保障基金財政專戶中設立的新農合基金專賬，存款利息實行按季度根據新農合基金占社會保障基金財政專戶資金總額比重分配的辦法。
各區縣只能在國有或國有控股銀行開設一個財政專戶。
第二十七條 財政專戶的主要用途是：接收參合農民個人繳費收入、農村醫療救助資助收入、集體扶持收入、政府資助收入、利息收入和其他收入；設立收入戶的區縣，接收從收入戶轉來的收入；根據經辦機構的用款計畫，向支出戶劃撥基金或直接與定點醫療機構辦理基金結算。
第二十八條 政府資助收入由財政部門從國庫直接劃入財政專戶，農村醫療救助資助收入通過農村醫療救助資金財政專戶直接劃轉到基金財政專戶。
第二十九條 財政專戶發生的利息收入直接計入財政專戶，經辦機構支出戶的利息收入從支出戶定期轉入財政專戶，財政部門憑銀行出具的原始憑證記賬。
第三十條 未經過經辦機構收入戶直接劃入財政專戶的收入，財政部門要出具財政專戶繳款憑證，並附加蓋專用印章的原始憑證複印件，交經辦機構記賬和備查。
第三十一條 從財政專戶直接劃撥到定點醫療機構的結算支出，應將支付憑證的其中一聯或將支付憑證複印件加蓋印章後交經辦機構記賬和備查。
第七章 資產與負債
第三十二條 資產包括基金運行過程中形成的現金、銀行存款（含財政專戶存款、收入戶存款、支出戶存款）、暫付款項等。