經辦機構應建立健全內部控制制度，嚴格按照國務院公布的《現金管理暫行條例》進行現金的收付和管理。
經辦機構應及時辦理基金存儲手續，按月與開戶銀行對賬，同時，經辦機構、財政部門要定期對賬，保證賬賬相符、賬款相符。
暫付款項應定期清理，及時結清。
第三十三條 負債包括基金運行過程中形成的暫收款項等。暫收款項應定期清理，及時償付。因債權人等特殊原因確實無法償付的，經財政部門批准後作為基金的其他收入。
第三十四條 新農合提高統籌級次及其他特殊情況發生時，應當對本級基金進行清算。
基金清算前應對基金的財務情況進行清理。基金清算時按照補償參合農民醫藥費、支付定點醫療機構墊付的參合農民醫藥費、支付其他應付款項和暫存款項的順序進行清償。基金清算後的餘額和基金運行中形成的其他資產、未清償的債務及有關資料一併轉入指定的部門或單位。
第八章 基金決算
第三十五條 年度終了後，經辦機構應根據新農合基金會計制度規定的表式、時間和要求編制年度基金財務報告。財務報告包括資產負債表、收支表、有關附表以及財務情況說明書。
財務情況說明書主要說明和分析基金的財務收支及管理情況、對本期或下期財務狀況發生重大影響的事項以及其他需要說明的事項。
編制年度基金財務報告必須做到數字真實、計算準確、手續完備、內容完整、報送及時。
第三十六條 經辦機構編制的年度基金財務報告應在每年3月底前經衛生行政部門審核並匯總，報同級財政部門審核後，由同級政府批准。批准後的年度基金財務報告作為基金決算。
第三十七條 衛生行政部門、財政部門應逐級匯總上報本級決算和下一級決算。經辦機構的年度基金財務報告不符合法律、法規、制度規定的，應予以糾正。
第九章 專用收據管理
第三十八條 市衛生主管部門根據各區縣需求，向市財政部門提供印製數量，由市財政部門負責統一印製“*市新型農村合作醫療基金繳款專用收據”（票樣附後），套印*市財政票據監製章。
第三十九條 自xx年起，各區縣新農合經辦部門在收取農民個人繳費、收到集體經濟組織和接受社會扶持、捐贈的新農合資金後，應向對方開具由市財政部門統一印製的新型農村合作醫療基金繳款專用收據，並加蓋本單位收費專用章。
第四十條 專用收據採用統一編號，每50份為一本，每份一式三聯，第一聯為存根聯，由開票方留存備查；第二聯為收據聯，由付款方收執；第三聯為記賬聯，由收款部門作為記賬憑證。
專用收據實行限量領用制度，各使用單位根據上報的使用數量到同級財政部門領購。
第四十一條 各區縣應加強對新型農村合作醫療基金繳款專用收據的管理，由專人、專櫃保管並建立相應賬目。
收款單位已開具的專用收據存根，應妥善保管，保管期一般為5年，保管期滿需銷毀的票據，由有關部門負責登記造冊報同級財政部門核准後銷毀。
區縣財政、衛生部門應建立專用收據稽查制度，對專用收據的領購、使用、保管等情況實施監管，並定期不定期檢查。財政部門對違反票據管理規定的行為依據有關規定予以處罰。使用單位應如實反映情況，提供資料，接受監督和檢查，不得拒絕核查、隱瞞情況或弄虛作假。
各區縣衛生主管部門要將專用收據管理工作納入新農合基金規範化管理，並列入市級新農合年度考核內容。
第四十二條 新型農村合作醫療基金繳款專用收據工本費用統一納入區縣年度財政預算。
第十章 監督與檢查
第四十三條 經辦機構要建立健全內部管理制度，定期或不定期向社會公告基金收支和結餘情況，接受社會監督。
第四十四條 衛生行政部門、財政部門和審計部門等要定期或不定期地對財政專戶、收入戶和支出戶的基金收支和結餘情況進行監督檢查，發現問題及時糾正，並向同級政府和基金監督組織報告。
第四十五條 單位和個人有下列行為之一的，監督管理部門將依照《財政違法行為處罰處分條例》以及有關法律、法規的規定進行處罰處分：
（一）截留、擠占、挪用、借用、貪污基金；
（二）擅自提高或降低農民個人繳費標準，擅自變更支出項目、調整支出標準；
（三）未按時將基金收入存入財政專戶；
（四）未按時足額將基金從財政專戶撥付到支出戶或辦理結算；
（五）未按規定及時足額補償醫藥費用；
（六）違反財政收入票據管理規定的行為
（七）其他違反國家法律、法規規定的行為。