3、綜合部門設定過多，工作重疊。辦公室、政治處、紀檢監察及行政裝備部門、技術部門都是檢察機關的管理、服務機構。其主要職能是負責機關的文秘、檔案、統計、保密、裝備、後勤、財會、行政事務以及政治思想、目標管理、人事管理、教育培訓、紀檢監察、黨建、區域網路管理等工作。由於分工過細，有時會出現有些事幾個管理部門都能管，又都不管的情況，不利於檢察工作的開展。
4、檢察權配置上的不明確，有的職能部門沒有完全行使法律規定的檢察權。我國刑事訴訟法規定，如果是國家財產、集體財產遭受損失的，人民檢察院在提起刑事訴訟的時候，可以提起附帶民事訴訟。對此，最高人民檢察院沒有明確要求，也沒有作出有關解釋和規定，導致此項檢察權行使上出現真空。
5、片面強調歸口管理，一些檢察權的配置削弱了檢察權的行使。民事行政檢察部門一度配置有對公務犯罪的偵查權，實踐證明對於強化監督具有十分重要的意義，取消民事行政檢察部門對公務犯罪的偵查權，不利於民事行政檢察權的獨立高效行使。
三、檢察機關內設機構改革的構想
對於檢察機關內設機構改革，我們認為，《人民檢察院組織法》應當對全國各級檢察機關內設機構的設定作出明確規定，使檢察機關內設機構的設定有法可依，同時實現全國檢察機關內設機構設定、稱謂統一，以體現其權威性、合法性、統一性。同時，要根據檢察工作的實際需要，對職能重疊的機構實行合併，對人員臃腫的機構進行精簡，充實到一線的檢察工作崗位上，使檢察機關每一個崗位的內容充實豐富，充分調動每一個檢察人員工作的積極性，以提高檢察工作的效率。
1、合併行政事務與後勤裝備部門，統一歸口為辦公室職能範圍，單設綜合秘書科。該機構負責文秘、印章、信息、統計、檔案、技術、檢察宣傳、調查研究、圖書資料、編緝年鑑、行政事務、財務裝備、區域網路、車輛及贓款贓物的管理等項工作。將政務和後勤保障的職能合併一處，有利於提高政務效率和質量，將辦文、辦事、勞資、財會以及後勤保障的職能集於一體，有利於保障檢察政務的正常運行，達到政令暢通，政事無阻滯，為檢察業務做好保障和服務，突顯檢察院的司法屬性。設立綜合秘書科，單純設定其職能為領導決策服務，對上情下達、科學決策有利。
2、實行捕訴合一，成立刑事案件監督部門。負責對公安機關、國家安全機關和人民檢察院偵查部門提請批准逮捕、提請延長偵查羈押期限和移送起訴或不起訴的案件，審查決定是否逮捕、延長、提起公訴或不訴，並出席法庭支持公訴；對公安機關應當立案偵查而不立案的及偵查活動是否合法實行監督；對人民法院的審判活動實行監督，對確有錯誤的刑事判決、裁定提出抗訴等工作。通過捕訴合一，提高辦案質量和效率，節省、整合司法資源，推進了以實現提高公訴、庭審效率為宗旨的司法價值取向的進程。誰批捕、誰主訴的辦案機制，為主訴檢察官指導偵查，使偵查活動為公訴活動服務的新型檢警關係的形成創造了條件。有利於建立以起訴為龍頭、起訴質量為核心的有效公訴機制。同時減輕了集中受案的壓力，加快了辦案速度。
3、合併反貪局、瀆職侵權偵查部門、預防職務犯罪辦公室，成立職務犯罪偵查部門。負責對國家工作人員貪污賄賂、挪用公款、瀆職犯罪和國家機關工作人員利用職權實施的非法拘禁、刑訊逼供、報復陷害、非法搜查、暴力取證、破壞選舉等侵犯公民人身權利的犯罪以及侵犯公民民主權利等職務犯罪案件的偵查工作；收集和管理職務犯罪的信息、情報，掌握了解和綜合分析職務犯罪的情況；研究、制定預防職務犯罪的對策和措施；向案發單位提出預防職務犯罪的檢察建議等工作。貪污賄賂犯罪和瀆職侵權犯罪涉及的是國家工作人員和國家機關工作人員，其犯罪性質接近，往往貪污賄賂犯罪與瀆職侵權犯罪相互交錯，由一個部門管轄，有利於線索的深查細挖，可以形成反腐敗合力，避免線索遺漏或線索不移交等問題，提高偵破職務犯罪成功率，有效利用司法資源。