第三階段：——建立運作系統：即建立各個部門的工作流程系統。
如果沒有辦法整套地開始操作，先把各個部門裡面的職責範疇、管理項目，許可權劃分，及各生產部門的工序標準先制定好，讓這個部門內要做的一些事情能夠快速有序地運作。但處理問題千萬不能一下操之過急，解決事情要分先後緩急，現分成三個步驟：第一步，是先解決緊急的大部分問題，一般緊急問題大部分是事後的；到了第二步，是開始解決事中的問題，就是現在所發生的問題，現在的問題如果解決了，那就可以避免發生未來遺留的問題；接下來第三步，就是堅持落實執行。是建立一個快速運作，能夠讓命令下去、能夠讓每一個部門按作業流程去做該做的事情，並做到位的流程系統。
第四階段：——建立共同願景。
公司的一層到二層的高層團隊一起擬定未來的發展計畫，經過一番市場考察和結合本公司的實力分析，制定出一系列的計畫項目與方案，把它形成書面化形式，大家朝這個計畫為目標共同作出努力。
計畫方案可圍繞三個問題去構想：
1、 下一階段怎樣改造？
2、 希望改到什麼程度？
3、 希望最終呈現什麼結果？
第五階段：——調整公司組織架構。
按照未來的願景計畫與目標，組織架構怎樣調整呢？
1、 共同討論：經過前三個階段後積累了影響力和信心作為推動力。
2、 找出誰真正具有解決問題的能力？
3、 誰是支持公司改革者的人？
4、 把有能力的人整合到核心團隊來或安在各部門重要的崗位上。
5、 有能力有意願的人，讓他們當改革的主力；
6、 有意願沒有能力的人，看是否有再培訓的機會，如果他們有意願學，也有潛力，讓他們再加於培訓，讓他們變為有意願有能力的人。
7、 有能力沒有意願的人，可能是過去遺留下來的受到挫折、創傷，理論上這種人經過第二階段和第三階段的時候，都已經加強了這種動力，萬一他的意願還沒有拉高，必須一一去做深度的會談，會談後如果可以解決就把他們拉入到有意願有能力的隊伍中，萬一不能只好作其他的安排。
8、 沒有能力也根本沒有意願的人，那么只好作忍痛放棄了，絕不能讓這種人留在公司影響其他人的士氣。
總結：國內一些企業家在“人員流程”上的缺失表現為：1不具備挑選人才的能力；2缺乏對人才的信任；3不注重也不開發他們的價值（沒有價值，也不拿掉）。如當我們在作組織架構調整時，主要是找到有能力解決問題的人，放在正確的位置上去。當然，在做組織調整之前，必須規劃公司必要的人力資源，這點比任何都重要。
第六階段：——建立起各部門的職能責任制度。
如果一開始就做第六階段，公司一定會發生混亂，這是企業管理學上的邏輯性規律。因為這個時候有太多問題沒有排除，出了問題他們會互相推卸說很多事情不是我不願意解決，是那個部門的問題，是上層的問題，他們會四處作怪。可是經過前期這一些積累，他們到這裡已經積累了某些的信心，而且公司把百分之七八十現狀的問題都解決得差不多了，所以對部門而言，現在又換了一個新的狀態，那么新官上任三把火，也許他不一定是新官，但是經組織改造之後，大家總是有一種動力，希望好好的乾一番，這時我們可利用這種動力的餘威，能夠讓整個部門的日常運作體系成熟化下來。