馬來亞由馬來半島的西馬及位於北婆羅州的東馬所組成。在英國統治的時期，西馬都被稱為馬來亞。
馬來西亞是東南亞這個地區其中一個最早有人類居住的地方。大約50,0XX年前，東馬砂勞越州的古老尼亞（nahcave〕洞裡，已經開始有人類居住了。
在西馬，即馬來半島，內陸山區的原住民比馬來人更早就在這裡居住了。
位於高棉的funan王朝，於公元初期曾經延伸其影響力到馬來半島。到了第七世紀，蘇門答臘的室里弗遜（srivijaya〕王朝則在南中國海的區域崛起成為最大的王朝。第十三世紀後半期，滿者伯夷（majapahit〕王朝取代室里弗遜，馬來半島也跟著落入滿者伯夷王朝的掌控中。室里弗遜王朝的王子拜里米蘇拉，於大約14XX年逃出滿者伯夷王朝的勢力範圍後，落腳在馬來半島的馬六甲，並在這裡建立了歷史上聞名的馬六甲王朝。也是在這個時候，大約於十五世紀初，回教被引進馬六甲王朝。
馬六甲王朝在全盛時期，是個聞名於世的港口及經貿中心。由於其位置處於航海及經貿的中心，又有良好的深水港口，東去資源豐饒的東方文明古國，西接印度、阿拉伯世界及歐洲西方列強，使到馬六甲不僅成為繁榮一時的商業中心，它也同時成為東西方多種文化互相碰面及交流的地方。中國明朝的鄭和就曾在七度下南洋的時候，到過馬六甲。為了促進兩國之邦交，明朝的公主漢麗寶更是被遠嫁到馬六甲來。
西方列強於十六世紀相繼而來，葡萄牙人於15XX年消滅了馬六甲王朝，開始了馬來半島的殖民史。葡萄牙統治馬六甲到1641年，被荷蘭人所擊敗，馬六甲又由荷蘭人所統治。英國人於十八世紀開始展延它對馬來半島的控制。1786年，萊特首登檳城，1819年萊佛斯占領新加坡，1819年英國人和荷蘭人的交換殖民地，使到英國人也獲得了馬六甲，並於較後成立了馬六甲海峽殖民地。
英國人和馬來蘇丹於1895年簽署的邦咯島協約，使到英國人的勢力進一步從馬六甲海峽殖民地延伸到內陸的馬來州屬。通過律政司（residentsystem〕的制度，英國人逐漸全面的控制了整個馬來半島及新加坡。
在英國人殖民的時期，英國人為了大量開發錫礦及樹膠園，從中國及印度大量的引進勞工，使到馬來西亞的多元種族的社會特徵開始形成。 1942年第二次世界大戰，日本軍入侵馬來亞，把英殖民政府擊潰並統治了馬來亞三年零八個月。日本投降後，英軍回歸馬來亞繼續其殖民。1948年，英殖民政府宣布全國進入緊急狀況以對付馬來亞共產黨。
1940年代末期及1950年代所掀起的爭取獨立運動，終於使到英殖民政府讓馬來亞於1955年進行了第一次的全國選舉，由代表馬來人的巫統、代表華人的馬華公會及代表印度人的印度國大黨所組成的聯盟（現在稱為國陣〕，橫掃了52議席中的51席。
1957年8月31日，聯盟主席東姑阿都拉曼宣布馬來亞獨立。馬來文成為國語，回教成為國教。東姑阿都拉曼出任第一屆的首相，並被稱為國父。
在北婆羅洲方面，沙巴從1882年就被英北婆羅公司統治，直到日本軍隊在第二次世界大戰攻入占領為止。砂勞越則是英人查爾斯布洛克和汶萊蘇丹協定下所建立起來的白人拉惹布洛克的天下。從1840年直到1942年，它都由布洛克家族所控制。在世界大戰過後，沙巴及砂勞越正式成為英國殖民地。