1963年，馬來亞聯同新加坡、沙巴及砂勞越組成了馬來西亞聯邦。但1965年，由於東姑阿都拉曼及李光耀的政治分裂，新加坡宣布退出馬來西亞。
1969年的全國大選成績，顯示人民對聯盟的支持急劇下降，反對黨所獲得的席位劇增。雖然聯盟仍然控制聯邦政府，但失去了吉蘭丹州政權，並在多個州議會裡面對強大的反對黨勢力。1969年5月13日，反對黨的勝利遊行在不同種族的相互嘲諷及挑釁的過程中，演變成種族衝突及流血事件，造成百多人喪失生命，無數財產被摧毀。此歷史事件被成為513事件。
1970年，馬來西亞宣布實施為期廿年的新經濟政策，其目的是要消除貧窮，重組社會，以拉近貧富的鴻溝。但這項政策所實行的固打制，也使到非馬來人社會非常不滿。
1972年，第二任首相敦拉薩改變了外交政策，開始和共產國家接觸，並致力使東南亞成為和平、自由及中立的區域。1974年，敦拉薩訪問中國，兩國的邦交自此一直密切發展至今。
1970年代，馬來西亞開始其工業化計畫。新經濟政策廿年的成果，已經使到馬來人的經濟地位大大提升。1991年，第四任首相馬哈迪醫生宣布推行為期三十年的2020宏願計畫，致力使馬來西亞在2024年成為先進國。
直到目前為止，馬來西亞仍然以每年超過8％的成長率發展，成為其中一個世界上成長得最快的國家。目前馬來西亞共有十三個州，兩個聯邦直轄區。其首都為吉隆坡，是其中一個聯邦直轄區。