現行《醫院會計制度》是財政部、衛生部按照《中共中央xx關於衛生改革與發展的決定》中明確的醫療機構的性質，即：不以盈利為目的的，承擔一定福利職能的社會公益事業單位；根據《事業單位財務規則》和《事業單位會計準則》，結合我國醫院特點，參考國外非盈利組織財務會計制度，於1998年11月17日頒布，並於1999年1月1日實施的。相對於舊的《醫院會計制度》，現行《醫院會計制度》根據新形勢的要求，借鑑了企業財務會計改革的經驗和國際慣例，是醫院財務管理、會計核算的重大改革。它為醫院適應市場經濟，參與市場競爭注入了新的活力，是醫院會計同國際慣例接軌，邁向醫院會計現代化的又一次重大發展。其簡要內容如下：
一、現行的《醫院會計制度》將會計要素分為五類，即：資產、負債、淨資產、收入和支出。改變了過去將會計科目分為資金占用和資金來源兩大類的劃分方法。
二、重新劃分醫院的收支，加強了收入和支出的管理。將醫院收入劃分為財政補助收入、上級補助收入、醫療收入、藥品收入和其他收入；與收入分類相對應，將醫院支出劃分為醫療支出、藥品支出、財政專項支出和其他支出。取消了過去的製劑收支，將製劑的增加值列入藥品進銷差價，避免了醫院製劑造成的虛收虛支。
三、醫藥分開並實行成本核算。由於醫院的經濟活動不同於一般的事業單位，醫院的支出應主要通過醫療服務收入來彌補，而不能依賴出售藥品來彌補，將醫療及藥品收支分別管理，分開核算，對醫療服務和藥品消耗分別實行成本核算。
四、藥品收入實行超收上繳。為了控制醫療費用的盲目增長，減輕人民民眾醫療費負擔，克服醫療衛生資源的浪費，對醫院藥品收入實行“核定收入，超收上繳”的管理辦法，超出財政部門和主管部門核定的藥品收入總額，按規定上繳衛生主管部門，使醫院逐步回到因病施治、合理用藥的正常軌道上來。
總之，現行《醫院會計制度》作為對原有制度的完善和補充，在它頒布實施以來，對於規範醫院的財務管理，提高醫院的會計核算質量，均起到了很好的作用。但隨著社會經濟的飛速發展，改革步伐的日益加快及中國加入wto, 現行《醫院會計制度》在運行過程中也愈來愈顯現出不足及局限性，具體應從以下方面進行完善：
一、現行《醫院會計制度》明確規定“適用於中華人民共和國境內的各級各類公立醫療機構。” 隨著經濟的發展，一大批非公有制醫院應運而生，特別是民辦的或慈善機構興辦的醫院。然而非公立醫院的會計核算如何進行，特別是非公立的非營利醫院應該執行什麼會計制度，目前尚無明確的規定。國家在《關於城鎮醫藥衛生體制改革的指導意見》中指出，將醫療機構分為非營利性和營利性兩類進行管理。根據醫療機構的性質、社會功能及其承擔的任務制定並實施不同的財稅、價格政策，非營利性醫療機構在醫療服務體系中占主導地位，享受相應的稅收優惠政策，“衛生、財政等部門要加強對非營利性醫療機構的財務監督管理，營利性醫療機構服務價格放開，依法自主經營，照章納稅。”在我國大部分醫院是國有醫院，屬於非營利性醫院，不具有營利性，但並不等於非營利性就不能盈利。隨著社會主義市場經濟體制的建立，醫院要生存和發展，必須實行經濟核算，僅靠少量的財政撥款是不行的，主要是要以自身的醫療服務來獲取收入，因而必須要有盈餘，以維持自身的生存和發展。因此，非營利性醫院會計可以借鑑企業會計，運用企業會計的分析方法，對醫院的經濟活動進行核算、監督，營利性醫院則可以完全和企業一樣，經衛生主管部門登記註冊，採用企業會計的核算方法。