（二十一）建立水功能區限制納污制度。確立水功能區限制納污紅線，從嚴核定水域納污容量，嚴格控制入河湖排污總量。各級政府要把限制排污總量作為水污染防治和污染減排工作的重要依據，明確責任，落實措施。對排污量已超出水功能區限制排污總量的地區，限制審批新增取水和入河排污口。建立水功能區水質達標評價體系，完善監測預警監督管理制度。加強水源地保護，依法劃定飲用水水源保護區，強化飲用水水源應急管理。建立水生態補償機制。
（二十二）建立水資源管理責任和考核制度。縣級以上地方政府主要負責人對本行政區域水資源管理和保護工作負總責。嚴格實施水資源管理考核制度，水行政主管部門會同有關部門，對各地區水資源開發利用、節約保護主要指標的落實情況進行考核，考核結果交由幹部主管部門，作為地方政府相關領導幹部綜合考核評價的重要依據。加強水量水質監測能力建設，為強化監督考核提供技術支撐。
七、不斷創新水利發展體制機制
（二十三）完善水資源管理體制。強化城鄉水資源統一管理，對城鄉供水、水資源綜合利用、水環境治理和防洪排澇等實行統籌規劃、協調實施，促進水資源最佳化配置。完善流域管理與區域管理相結合的水資源管理制度，建立事權清晰、分工明確、行為規範、運轉協調的水資源管理工作機制。進一步完善水資源保護和水污染防治協調機制。
（二十四）加快水利工程建設和管理體制改革。區分水利工程性質，分類推進改革，健全良性運行機制。深化國有水利工程管理體制改革，落實好公益性、準公益性水管單位基本支出和維修養護經費。中央財政對中西部地區、貧困地區公益性工程維修養護經費給予補助。妥善解決水管單位分流人員社會保障問題。深化小型水利工程產權制度改革，明確所有權和使用權，落實管護主體和責任，對公益性小型水利工程管護經費給予補助，探索社會化和專業化的多種水利工程管理模式。對非經營性政府投資項目，加快推行代建制。充分發揮市場機制在水利工程建設和運行中的作用，引導經營性水利工程積極走向市場，完善法人治理結構，實現自主經營、自負盈虧。
（二十五）健全基層水利服務體系。建立健全職能明確、布局合理、隊伍精幹、服務到位的基層水利服務體系，全面提高基層水利服務能力。以鄉鎮或小流域為單元，健全基層水利服務機構，強化水資源管理、防汛抗旱、農田水利建設、水利科技推廣等公益性職能，按規定核定人員編制，經費納入縣級財政預算。大力發展農民用水合作組織。
（二十六）積極推進水價改革。充分發揮水價的調節作用，兼顧效率和公平，大力促進節約用水和產業結構調整。工業和服務業用水要逐步實行超額累進加價制度，拉開高耗水行業與其他行業的水價差價。合理調整城市居民生活用水價格，穩步推行階梯式水價制度。按照促進節約用水、降低農民水費支出、保障灌排工程良性運行的原則，推進農業水價綜合改革，農業灌排工程運行管理費用由財政適當補助，探索實行農民定額內用水享受優惠水價、超定額用水累進加價的辦法。
八、切實加強對水利工作的領導
（二十七）落實各級黨委和政府責任。各級黨委和政府要站在全局和戰略高度，切實加強水利工作，及時研究解決水利改革發展中的突出問題。實行防汛抗旱、飲水安全保障、水資源管理、水庫安全管理行政首長負責制。各地要結合實際，認真落實水利改革發展各項措施，確保取得實效。各級水行政主管部門要切實增強責任意識，認真履行職責，抓好水利改革發展各項任務的實施工作。各有關部門和單位要按照職能分工，儘快制定完善各項配套措施和辦法，形成推動水利改革發展合力。把加強農田水利建設作為農村基層開展創先爭優活動的重要內容，充分發揮農村基層黨組織的戰鬥堡壘作用和廣大黨員的先鋒模範作用，帶領廣大農民民眾加快改善農村生產生活條件。