2.非營利性會計核算體系。核算省聯社為基層行社提供服務，無經營收入而產生的服務費支出，設服務費賬套，分機關服務費和科技服務費，項目資金單獨設賬專項管理。目前有省聯社各處室和科技信息中心、電子銀行部。
（1）機關服務費。核算省聯社為基層行社提供服務而發生的服務費支出，按《國家稅務總局關於農村信用社省級聯合社收取服務費有關企業所得稅稅務處理問題的通知》（國稅函〔〕80號）的檔案規定向基層行社按年（季）攤銷。年初基層行社按《省農村合作金融機構財務管理實施辦法》規定比例乘以上年總收入基數預繳。
（2）科技服務費。核算科技信息中心、電子銀行部為基層行社提供運行維護而發生的服務費支出，按年按總科技服務費乘以《省農村信用社聯合社科技信息中心財務管理與賬務核算暫行辦法》檔案中規定的辦理業務數據量（包括筆數、金額）一定比例分攤。
（3）科技項目資金。省聯社信息化建設領導小組領導項目建設，確立項目立項審批制度，科技項目屬省聯社代理基層行社建設，所有權歸行社共有。科技中心全面實行項目經理負責制，分項目設賬，科學預算，減小偏離度，項目資金按《省農村信用社聯合社信息科技專項資金管理辦法》規定於年初立項時向基層行社預收，按項目決算後多退少補。
（4）基建 項目資金。基建項目立項審批後，省聯社成立基建辦公室負責實施，基建辦屬臨時性機構。項目資金可用省聯社經營所得的留存收益墊支（即營運資金）或向基層行社籌集，所有權歸屬省聯社，項目竣工轉入固定資產核算，折舊費納入機關服務費按年向基層行社攤銷。
3.推動實行全面預算管理。對省聯社各部門實行全面預算管理，各項支出均控制在預算範圍內列支，提高工作合理規劃和科學決策，促進預算目標實現，將約束與激勵運用到各部門，充分提高員工積極性。年初，制定全年預算方案，年中對不確定性或預算出入較大項目，由相關部門根據實際情況提出預算調整方案並按程式審議。
4.建立費用報賬員制度。按《省農村信用社聯合社辦公用品及有關服務採購管理辦法》規定，制定費用管理辦法，明確省聯社機關、各直屬機構費用管理許可權。省聯社辦公室負責機關費用審核管理；各直屬機構審核本機構費用，根據需要設立報賬員，採用備用金管理，集中報賬後，補足備用金，年末清繳。
5.實行賬實分管。制定資產管理辦法，明確賬實分管原則，設立實物管理部門（可由辦公室兼任），負責省聯社機關、直屬機構的實物採購、調撥、處置以及與會計核算中心進行定期賬實核對等工作。