3、領導和駕馭村民自治的機制有待進一步完善。隨著農村統分結合的雙層經營體制的建立和農村基層民主政治建設進程的不斷加快，村黨支部在土地等生產資料的使用、分配方面的權力不復存在；同時，農民民眾的民主自治意識不斷增強，對村黨支部的依賴程度降低。在這種新的形勢下，一些村黨支部沒有及時轉變思想觀念、改進領導方式和工作方法，有的不願民主，習慣於大權獨攬，搞“家長制”、“一言堂”，認為實行村民自治就是奪支部的權，主觀上不願意推進村級民主；有的不會民主，領導方式陳舊、工作方法簡單，駕馭能力不強、協調能力偏弱，不善於利用民主和法制的方法把支部的主張轉變為民眾的自覺行動；還有的害怕民主，把民主制度當作絆腳石、攔路虎，不敢推行村級民主。調研中，有16.9％的黨員和村民代表認為黨支部在民主決策上做得不夠好；有23.5％的民眾對村級民主管理工作“不太滿意”。部分村黨支部管理不規範、辦事不公開、決策不民主，造成了民眾對幹部有猜忌，幹群關係緊張，個別村甚至直接引發了民眾集體上訪。
4、組織民眾、服務民眾、維護民眾利益的觀念有待進一步強化。部分農村黨支部仍然習慣於要求民眾、命令民眾的領導方式，要么大包大攬，要么撒手不管，不善於組織和動員民眾，不能為農民民眾提供及時有效的幫助，在組織、引導農民進入市場方面無所作為。部分農村黨支部不認真落實土地延包確權等項工作，在土地、山、林的開發建設過程中，為了追求某一方面的發展，而侵犯農民利益，造成黨群、幹群關係緊張，甚至對立。部分村幹部作風漂浮，深入民眾不夠，想問題、辦事情一廂情願，忽視了民眾的利益需求，雖然忙忙碌碌，卻得不到民眾的支持和擁護。調研中，有25.2％的幹部認為黨支部開展工作的出發點和落腳點是“落實上級黨委意圖”；有27.7％的黨員和民眾代表認為黨支部在解決村民關心的熱點、難點問題上做得不夠；有12.7％的民眾認為黨支部在維護農民利益上做得不夠。
5、黨組織活動方式、黨員的教育管理方式有待進一步創新和豐富。隨著社會主義市場經濟體制的不斷完善，農村呈現出社會關係複雜化、經濟主體多元化、就業方式多樣化等特點，村黨支部傳統的活動方式受到了很大衝擊。外出流動黨員增多，使集中開展活動難度加大；非公經濟組織中黨組織的地位、職能、作用及活動方式不明確，使黨員發揮作用時感到茫然無措，不知道孰對孰錯；黨員隊伍年齡老化、文化偏低，與理論創新、知識更新的要求嚴重不適應。在這種新形勢下，一些村黨組織依然延用老辦法開展活動，如開開會、學學檔案等，對在市場經濟條件下黨員如何發揮先鋒模範作用教育引導不到位，組織黨員發揮作用的方式不活、渠道不寬、措施乏力，客觀上造成了黨組織生活不健全，“三會一課”等制度落實不到位，黨員先鋒模範作用不突出，削弱了黨組織在民眾中的號召力、影響力。
三、關於新形勢下鞏固農村黨支部領導核心地位的幾點思考
在新的形勢下，提高農村黨支部的領導能力和領導水平，鞏固其領導核心地位，必須以密切黨和人民民眾的血肉聯繫為核心，不斷創新領導方式和工作方法，從以下五個方面做起：
1、加強農村幹部隊伍建設，打牢村黨支部發揮領導核心作用的人才基礎