三、資金投入嚴重不足，治理成果難以鞏固。儘管近幾年在各級黨委政府在農村環境衛生治理上投入的資金逐年增加，但農村點多面廣，具體到鄉村的資金十分有限。農村環境衛生整治費用最大的一塊就是保潔員的工資。由於地區經濟發展的不平衡，在經濟相對落後地區的絕大多數鄉鎮財政仍較為窘迫、特別是村級集體經濟薄弱，保潔員的工資待遇難以落實。目前，各地保潔員工資的結構基本上是由市、區（縣）財政出一部分、鄉（鎮）村籌集一部分的方法進行發放，但實際情況是鄉（鎮）村一級，特別是村一級由於無集體經濟支撐，由村一級籌集的資金無法落實。這必然導致保潔員工作積極性不高，隊伍不穩定，作用發揮不好。另外，農村生活垃圾處理也成為一大難題，目前各地廣泛採用的“戶集、村收、鎮運、縣處理”模式，鄉鎮每年為此支付的費用高達十幾萬、幾十萬不等，大部分鄉鎮難以承擔，幹部思想壓力很大。特別是相當一部分鄉鎮由於資金缺乏，垃圾壓縮站或垃圾中轉站建設進度不夠快，在很長一段時期內還滿足不了村一級收集上來的垃圾消納需要，導致環境衛生治理效果難以提升。
為了儘早改變農村環境衛生“髒、亂、差”的落後面貌，實現農村發展、農業增效、農民幸福這個根本目標，針對當前農村環境衛生整治中存在的主要問題，提出以下建議：
一、廣泛宣傳，提高認識。要改變農民長期形成的不良習慣不是一朝一夕之功，需要長期持久的宣傳、教育、引導和管理。一是通過廣播、電視等媒體在早、中、晚時間反覆宣傳，利用報刊、展板、宣傳標語等形式強化宣傳，使環衛知識深入人心、家喻戶曉；二是把農村環境衛生宣傳與開展“改陋習、樹新風”和健康教育活動結合起來，著力培養農民良好的衛生習慣，自覺養成文明健康的生活方式；三是定期組織村民參加環境衛生集中整治活動，自己動手美化生活環境，努力營造大家動手，人人參與的良好氛圍。四是建立對環境衛生文明戶的獎勵機制，發揮榜樣的示範帶動作用；五是在中國小開設環保、健康教育課，加強對青少年環衛意識的培養，通過“小手牽大手”，帶動家長去改變落後的生活習慣。
二、結合實際，科學規劃。科學的村莊規劃是農村環境衛生整治工作取得實際效果的重要前提和基礎，規劃不合理，勢必影響農村的後序建設與發展，甚至還有可能破壞農村環境衛生。一是要高度重視鄉村規劃工作，將其納入政府工作的大盤子，實行統一規劃，統一建設，統一管理，真正實現城鄉規劃管理一體化。二是規劃要充分結合當地實際和農民民眾生產生活需要，不僅要有可行性，而且要有操作性，同時還要有實用性。在新村建設規劃時要超前考慮排水、排污、綠化、雜物堆放、家畜飼養等農村實際問題，綜合考慮道路、水溝、公廁、公共場所、公益事業設施、綠化美化等多種因素，使村莊建設科學合理，整潔美觀。
三、加大投入，完善機制。資金問題是制約農村環境衛生整治的瓶頸，關係到農村環境衛生整治的長久和成敗，地方政府應該多方籌措資金，加大投入力度。根據實際情況，按照“政府拿一點，民眾集一點，集體補一點”的辦法，多渠道籌集整治資金。一是政府主導。積極爭取上級扶持政策，爭取農村環境保護與污染整治項目資金，落實好地方配套資金。逐年增加對農村環境保護的財政投入和技術扶持，重點支持飲用水源地保護、農村生活污水和垃圾治理、畜禽養殖污染治理、土壤污染治理等工程。二是財政傾斜。提高財政投入新農村建設、環境建設資金的傾斜比例，安排量化專項資金，通過以獎代補、以物代補等有效形式，確保城鄉環境衛生綜合整治工作的正常有序運轉。對經濟薄弱村，要增加村莊環境整治專項資金補助力度。三是部門幫建。市、區（縣）各部門要積極參與農村環境衛生整治工作，提供資金、項目、技術等方面的扶持，為所聯繫村解決環境“髒亂差”問題。四是鄉村投資。重視鄉鎮和行政村在農村環境整治投資中的主體地位，全面整合農村各種資源，抓住新農村建設大好機遇，進一步加大項目的申報力度，整合資源，捆綁使用，集中實施，增加整治成效；並積極吸引民間資本，大力發展鄉村經濟，壯大鄉（鎮）級財政和村集體經濟，在經濟發展中籌集建設資金，逐步改善農村環衛基礎設施。
四、加強領導，嚴格考核。農村環境衛生整治，事關農民民眾的幸福指數的提高，是最大的民生工程，務必引起各級領導的高度重視。為此，各地市黨委政府應成立農村環境衛生整治工作領導小組，成員單位由市衛生局、發改委、財政局、城建委、規劃局、土地局、農業局、林業局、水務局等單位組成，下設辦公室，由市衛生局負責日常事務，安排部署各項工作，重大問題由領導小組會議研究決定。區縣也要成立相應機構，為該項工作提供可靠的組織保障。在此基礎上，區縣應將農村環境衛生工作列入年度目標考評的主要內容，明確目標、分解任務、細化指標，使這項工作有安排、有檢查、有考核，切實把農村環境衛生工作落到實處。