（二）法律根據不同。
訴訟時效是民事法律關係當事人主張依法保護其民事權利的請求期間，來自民法的基本法。而申請勞動仲裁的時效來自於勞動法律關係方面的法律、法規。在勞動法律關係方面的糾紛，應首先適用勞動法律關係方面的法律、法規。因此，對申請勞動仲裁時效的運用，應以勞動法的相關規定為準。
（三）適用的範圍和對象不一致。
訴訟時效適用於廣泛的民事糾紛的訴訟案件，是民事審判活動中應當考慮的一種期間；根據當事人是否在此期間主張其民事權利的事實，來考察該當事人的民事權利是否在法律保護的時間範圍。如果當事人主張其民事權利時超過了法定的訴訟時效期間，則法律不再保護其權利，即當事人喪失勝訴權。申請勞動仲裁的時效的套用範圍是勞動法律關係，適用對象是勞動法律關係的當事人；是當事人之間因勞動關係發生爭議時，當事人根據相關規定向勞動爭議仲裁機構申請仲裁裁決的法定期間；超過此期間，仲裁機構則不再受理，也 就失去了法律保護的基礎。
（四）二者的性質和期限不同。
訴訟時效是民事審判活動所適用的時效期間。申請勞動仲裁的時效是向勞動爭議仲裁機構申請仲裁裁決的法定期間，屬帶有勞動行政性質的法律規範所適用的時效期間。
在期限上，訴訟時效又有普通時效和特殊時效之分，普通時效為兩年。特殊時效方面，符合《中華人民共和國民法通則》第136條規定情形的，訴訟時效為1年。因涉外貨物買賣契約爭議提起訴訟或仲裁的期限為4年。我國法律所規定的最長訴訟時效為20年。而申請勞動仲裁的時效，在《勞動法》生效前，國務院發布的《中華人民共和國企業勞動爭議處理條例》第23條所規定的期限是6個月；《勞動法》第82條所規定的申請勞動仲裁的時效則是60日。即自《勞動法》生效以後的申請勞動仲裁的時效為60日。因此，申請勞動仲裁的時效與訴訟時效是不同法律性質的兩種時效，申請勞動仲裁的時效遠比訴訟時效期間要短的多，不能混為一談。
（五）二者的中止期限不同。
時效中止是法律所規定的，在時效進行中，因一定的法定事由而使權利人無法行使請求權，暫時停止計算時效的期間。雖然二者都存在因客觀原因而中止的情形，但中止的期限卻有不同之處。從《中華人民共和國民法通則》第七章的規定看，訴訟時效的中止存在於在訴訟時效期間的最後6個月內，中止的原因是因不可抗力或者其他障礙不能行使請求權。從中止時效的原因消除之日起，訴訟時效期間繼續計算上一頁[1] [2] [3] [4] 下一頁
。從這些規定中可以得出這樣的結論，訴訟時效的中止次數可以是多次的，中止的期間是不能預先確定的。中止時間的長短應當根據具體情況而定。
申請勞動仲裁時效的中止則與訴訟時效的中止的期限不完全相同。目前申請勞動仲裁的時效是60日，中止只能在這60日內中止；法律也沒有限定具體的中止期間。申請勞動仲裁時效的中止原因中，除存在因不可抗力或者其他障礙不能行使請求權的時效中止外，勞動部《關於貫徹執行〈中華人民共和國勞動法〉若干問題的意見》第89條規定，勞動爭議當事人向企業勞動爭議調解委員會申請調解的，從當事人提出申請之日起，仲裁申訴時效中止，企業勞動爭議調解委員應當在30日內結束調解，即中止期間最多不得超過30日。結束調解之日起，當事人的申訴時效繼續計算。調解超過30日的，申訴時效從30日之後的第一天繼續計算。也就是說，因企業勞動爭議調解委員會調解所產生的中止期間最多為30日；此種情況下申請勞動仲裁的時效應當在爭議發生之日起的90日以內。