近年來，在城市環境日趨改善的同時，農村環境污染問題凸顯，主要表現在:點源污染與面源污染共存，工業污染與生活污染疊加，各種新舊污染相互交織，工業及城市污染向農村轉移。筆者以為，綜合整治農村生態環境必須城鄉統籌，創新機制。
建立目標導向機制。地方政府必須把農村環境綜合整治放到社會主義新農村建設大局中謀劃。按照構建“中心城、中心鎮、中心村”3個平台的建設思路，科學開展村莊集鎮建設近、遠期規劃，形成有機整體，合理布局環境公益設施，使公共資源的利用達到最佳效益。上級黨委和政府要將農村環境綜合整治納入下級領導幹部任期目標責任制中，將考評結果與各級領導幹部的任用掛鈎，同時對任期內因失職造成生態破壞、環境污染的責任人追究責任。圍繞畜禽養殖污染治理、村鎮生活污水與垃圾處理、鄉鎮工業企業污染治理、農村居住環境整治等工程，建立重點工程的有序推進機制。
建立城鄉互動機制。打破城鄉分治的農村環境綜合整治格局，按照“規劃主導一體化建設、治污採取一體化思路、考核實行一體化機制”的思路，統籌考慮城鄉環境整治。一要加快城市污水處理廠建設和污水管網建設。可以將臨近城市的農村地區一些污染物納入城市污染處理、處置系統，提高農村環境技術裝備水平，建設和完善城鄉一體化的環境基礎設施，探索城鄉統籌環境基礎設施建設新路。二要加快農村垃圾集中處理進度。按照“組保潔、村收集、鎮轉運、縣處理”的模式，逐步推廣農村生活垃圾收集轉運處理體系，逐步實現城鄉環境基礎設施一體化。三要有序推進縣鄉河道疏浚和村莊河塘整治。通過疏濬縣鄉河道，整治村莊河塘，提高河道水環境自淨能力，改善村莊水環境。四要彰顯農村生態建設特色。按照基地規模化、產地環境無害化、質量管理制度化的要求，加強無公害農產品、綠色食品、有機農產品示範基地建設，凸顯生態建設優勢。
建立宣傳教育機制。一是抓好輿論引導，鼓勵新聞媒體開展農村生態環境建設的宣傳和監督，客觀報導農村生態環境面臨的嚴峻形勢，增強農民的責任感和緊迫感，消除部分農村出現的“重房屋設施投入，輕環保設施配套”、“重村容村貌外觀改善，輕人居環境提升”、“重村莊環境突擊整治，輕常態管理機制”、“重傳統農業發展方式，輕農業污染減排”的現象。二是推廣環境技術。要根據農村生態環境的特點，推廣生態循環型農業，將秸稈、雜草等作為資源充分利用起來。要加快農村環保科技創新步伐，建立分區域、分類型的科研示範基地，搭建統籌城鄉環保的技術推廣平台，儘快形成經濟實用的農村污染控制技術推廣體系。
建立資金投入機制。資金缺乏、監管缺位是農村環境綜合整治的重要約束因素。鑒於農村環境的生態脆弱性、區域差異性、階段性和隱蔽性等特點，要進一步加大資金投入、完善監管機制。一要建立多元化的投入機制。要以創建生態縣、生態鎮、生態村為契機，多渠道籌集農村環境綜合整治資金。地方政府要建立生態縣建設專項基金、生態縣建設獎勵資金、農村環境綜合整治專項資金，充分發揮財政在環境綜合整治中方面的作用，讓城鄉共享科學發展的成果。要通過市場機制，吸引和鼓勵包括民間資本在內的各類社會資金參與農村環境基礎設施建設。二要建立一體化的監管機制。通過充實農村環保隊伍，把環境監管觸角從城市伸向農村。要統籌城鄉環境監測資源，對農村環境進行常態化監測。要通過完善政策激勵機制等，調動全社會參與城鄉環保的積極性，構建城鄉一體化的環境保護新格局，實現可持續發展。