孔休源，字慶緒，會稽山陰人也。晉丹陽太守沖之八世孫。曾祖遙之，宋尚書水部郎。父珮，齊廬陵王記室參軍，早卒。
休源年十一而孤，居喪盡禮，每見父手所寫書，必哀慟流涕，不能自勝，見者莫不為之垂泣。後就吳興沈驎士受經，略通大義。建武四年，州舉秀才，太尉徐孝嗣省其策，深善之，謂同坐曰："董仲舒、華令思何以尚此，可謂後生之準也。觀其此對，足稱王佐之才。"琅邪王融雅相友善，乃薦之於司徒竟陵王，為西邸學士。梁台建，與南陽劉之遴同為太學博士，當時以為美選。休源初到京，寓於宗人少府卿孔登宅，曾以祠事入廟，侍中范雲一與相遇，深加褒賞，曰："不期忽覯清顏，頓袪鄙吝，觀天披霧，驗之今日。"後雲命駕到少府門，登便拂筵整帶，謂當詣己，既而獨造休源，高談盡日，同載還家，登深以為愧。尚書令沈約當朝貴顯，軒蓋盈門，休源或時後來，必虛襟引接，處之坐右，商略文義。其為通人所推如此。
俄除臨川王府行參軍。高祖嘗問吏部尚書徐勉曰："今帝業初基，須一人有學藝解朝儀者，為尚書儀曹郎。為朕思之，誰堪其選？"勉對曰："孔休源識具清通，諳練故實，自晉、宋《起居注》誦略上口。"高祖亦素聞之，即日除兼尚書儀曹郎中。是時多所改作，每逮訪前事，休源即以所誦記隨機斷決，曾無疑滯。吏部郎任昉常謂之為"孔獨誦"。
遷建康獄正，及辨訟折獄，時罕冤人。後有選人為獄司者，高祖尚引休源以勵之。除中書舍人，司徒臨川王府記室參軍，遷尚書左丞，彈肅禮闈，雅允朝望。時太子詹事周舍撰《禮疑義》，自漢魏至於齊梁，並皆搜采，休源所有奏議，鹹預編錄。除給事黃門侍郎，遷長兼御史中丞，正色直繩，無所迴避，百僚莫不憚之。除少府卿，又兼行丹陽尹事。出為宣惠晉安王府長史、南郡太守、行荊州府州事。高祖謂之曰："荊州總上流衝要，義高分陝，今以十歲兒委卿，善匡翼之，勿憚周昌之舉也。"對曰："臣以庸鄙，曲荷恩遇，方揣丹誠，效其一割。"上善其對，乃敕晉安王曰："孔休源人倫儀表，汝年尚幼，當每事師之。"尋而始興王嶦代鎮荊州，復為憺府長史，南郡太守、行府州事如故。在州累政，甚有治績，平心決斷，請託不行。高祖深嘉之。除通直散騎常侍，領羽林監，轉秘書監，遷明威將軍，復為晉安王府長史、南蘭陵太守，別敕專行南徐州事。休源累佐名藩，甚得民譽，王深相倚仗，軍民機務，動止詢謀。常於中齋別施一榻，雲"此是孔長史坐"，人莫得預焉。其見敬如此。
征為太府卿，俄授都官尚書，頃之，領太子中庶子。普通七年，揚州刺史臨川王宏薨，高祖與群臣議代王居州任者久之，於時貴戚王公，鹹望遷授，高祖曰："朕已得人。孔休源才識通敏，實應此選。"乃授宣惠將軍、監揚州。休源初為臨川王行佐，及王薨而管州任，時論榮之。而神州都會，簿領殷繁，休源割斷如流，傍無私謁。中大通二年，加授金紫光祿大夫，監揚州如故。累表陳讓，優詔不許。在州晝決辭訟，夜覽墳籍。每車駕巡幸，常以軍國事委之。
昭明太子薨，有敕夜召休源入宴居殿，與群公參定謀議，立晉安王綱為皇太子。四年，遘疾，高祖遣中使候問，並給醫藥，日有十數。其年五月，卒，時年六十四。遺令薄葬，節朔薦蔬菲而已。高祖為之流涕，顧謂謝舉曰："孔休源奉職清忠，當官正直，方欲共康治道，以隆王化。奄至殞歿，朕甚痛之。"舉曰："此人清介強直，當今罕有，微臣竊為陛下惜之。"詔曰："慎終追遠，歷代通規；褒德疇庸，先王令典。宣惠將軍、金紫光祿大夫、監揚州孔休源，風業貞正，雅量沖邈，升榮建禮，譽重搢紳。理務神州，化覃歌詠，方興仁壽，穆是綽住Ｑ偃揮朗牛倍用悲惻。可贈散騎常侍、金紫光祿大夫，賻第一材一具，布五十匹，錢五萬，蠟二百斤。克日舉哀。喪事所須，隨由資給。謚曰貞子。"皇太子手令曰："金紫光祿大夫孔休源，立身中正，行己清恪。昔歲西浮渚宮，東泊枌壤，毗佐蕃政，實盡厥誠。安國之詳審，公儀之廉白，無以過之。奄至殞喪，情用惻怛。今須舉哀，外可備禮。"