千百年來，古代醫家在同疾病作鬥爭的過程中，通過對發病過程的反覆觀察，並經過臨床實踐的反覆驗證，逐步加深了對疾病發生、發展和轉歸的認識，並總結出了有關疾病發生、發展的基本理論和規律，從而有效地套用於中醫學的臨床實踐。
中醫學認為，疾病的發生，即是在某種致病因素的影響下，機體的“陰平陽秘”正常生理平衡被破壞，從而使“陰陽失調”所致。人體內在環境的平衡協調，以及人體與外界環境的整體統一，是人賴以生存的基礎。而疾病的發生，則正是這種平衡協調遭到破壞的結果。在疾病的發生、發展過程中，致病因素所引起的各種病理性損害與人體正氣抗損害的矛盾鬥爭，貫穿於疾病發展過程的始終，而正氣與邪氣矛盾雙方的力量對比，決定著疾病發展的方向和結局。因此發病學的任務，就是研究疾病發生和結局的各種情況和規律。
發病的基本原理
中醫學認為，疾病的發生，關係到人體正氣和致病邪氣兩個方面，所謂正氣，即是指人體的機能活動（包括臟腑、經絡、氣血等功能）和抗病修復（新生）能力。所謂邪氣，泛指各種致病因素。如外感六淫、內傷七情、癘氣、痰飲、瘀血及食積等。因此，中醫發病學認為，任何疾病的發生，都是在一定的條件下，正邪相爭的結果。整個疾病的過程，就是正邪相爭的過程。在此過程中始終存在著“正”、“邪”之間的力量對比和消長盛衰變化，直接影響著疾病的發展和轉歸。
1. 正氣存內，邪不可乾：中醫發病學特別重視人體的“正氣”，認為在一般情況下，人體正氣旺盛或病邪毒力較弱，則邪氣不易侵犯機體，或雖有侵襲，亦不致於發生疾病。此時，人體內部陰陽氣血、臟腑經絡的矛盾運動，其發展變化仍處於生理活動的範圍，即“正能御邪”，故不發病。正如《素問·遺篇·刺法論》所說：“正氣存內，邪不可乾。”反之，如果人體正氣虛弱，抗病能力低下，不足以抗禦邪氣，或病邪之毒力過強，則病邪即可乘虛而入侵，使體內矛盾運動的發展變化，超出其生理活動的範圍，從而導致機體臟腑組織陰陽氣血的功能失調，即“正不勝邪”而發病。
2．邪之所湊，其氣必虛：中醫發病學認為，正氣虛弱是疾病發生的內在根據，邪氣是致病的條件。所謂正氣虛弱不外兩種情況。在這兩種情況下，都可導致病邪入侵機體，使臟腑組織陰陽氣血功能失調發生疾病。所以說，疾病的發生，雖然關係到正與邪的兩方面，但起決定作用的仍然是正氣。正如《靈樞·百病始生》所說：“風雨寒熱，不得虛，邪不能獨傷人。卒然逢疾風暴雨而不病者，蓋無虛，故邪不能獨傷人。此必因虛邪之風，與其身形，兩虛相得，乃客其形。”故《素問·評熱病論》說：“邪之所湊，其氣必虛。”其中“蓋無虛”的“虛”，“其氣必虛”的“虛”，都是指正氣虛損。
中醫學重視正氣，強調正氣在發病中的主導地位，但是亦應指出，中醫發病學並不否認或排除邪氣對疾病發生的重要作用，邪氣雖然是發病的條件，但在一定的情況和條件下，甚至可以起主導作用，如高溫灼傷、槍彈殺傷及蟲獸咬傷等，即使是正氣強盛，也難免被傷害。特別是那些具有較強傳染性的“疫邪”，在一定條件下亦能起到重要的致病作用，甚至導致疾病的大流行。
所以，中醫學的發病學說，既強調人體正氣是疾病發生的內在根據，又不排除致病因素的重要作用。