第一個方面，日本的中央與地方關係中，在機構設定上有幾個很有意思的機制。
首先它是一個中央財政與地方財政分管機制。中央財政是由財務省也就是財政部管理，地方財政是另外一個中央部委來管理，現在是總務省管理。這個機制的好處是，中央政府在做任何決策的時候，都可以有一個部門能夠把地方的財政狀況說清楚，而且要替地方政府反映情況，能夠事先平衡中央與地方的關係，並且制訂地方財政計畫，管理地方財政。我們知道中國計畫經濟下主要是管地方的項目，市場經濟下中央政府主要是管地方的財政。這是一個比較有意思的、我們比較感興趣的差異。
再有一個是中央政府相關部門設定派出機構。與我們各省市到北京搞駐京辦事處不同，現在駐京辦事處包括一些地級市甚至一些縣，據說已經上千家，有的說是上五千家，搞得北京交通都受到嚴重的影響，這是“跑部錢進”的影響。日本與我們不一樣，很多部門按照經濟區劃和職能需要來設定派出機構，就不會出現一些“跑部錢進”的情況，很多的事在當地就解決了，不必跑到首都。
第三個我們比較感興趣的機構設定，是在中央政府設立了一個中央與地方糾紛處置委員會。在總務省下面設定的中央與地方糾紛處置委員會，專門負責協調地方政府與中央部門之間的糾紛，如果地方政府和中央政府的某個部門有了矛盾，可以先到這裡來打內部官司，由中央與地方糾紛處置委員會來進行獨立的、中立的、公平的調查和仲裁。
第二個方面，中央與地方的人員交流。
大家都知道，和我們不太一樣，日本的公務員區分為國家公務員和地方公務員，是不同的公務員，分別考試錄用，服務的對象不一樣，工資待遇也不一樣。公務員的種類也有區別，國家公務員又分特別職和一般職，地方公務員也分特別職和一般職。
在這種情況下，中央政府怎么對地方政府進行控制和影響呢？一個是地方的首長是選舉產生的，國家公務員退職以後可以成為政治家，可以參加各地方公共團體首長的選舉，相當一部分都道府縣的知事曾經就是中央政府的官員或者國會議員；而在他當選了地方首長以後，也和中央政府有著千絲萬縷的聯繫。某些地方政府的官員，說是地方政府的官員，但是身份是定位為國家公務員，比如說日本的警察事權，戰後初期是由省町村等基層地方政府負責，後上收到都道府縣，是作為國家職的一般公務員，任免權是在國家公安委員會。再有一個，就是定向掛職，地方公共團體裡的副職，以及一些特定的重要職位，往往是由特定的部門派遣掛職，比如說由總務省派到地方的某一個總務部，等等。
第三個方面，中央對地方的行政干預。主要有三種形式。一個是立法機關干預，在不違反《憲法》規定的地方自治宗旨範圍內可以干預。第二是司法機關的干預，以地方公共團體為當事人的有關訴訟，都必須服從司法機關的判決。日本的司法機關是獨立於地方政府的垂直體系，是中央集權的一個支柱。第三種干預是行政機關干預，這是中央政府對地方公共團體實施干預的最一般、最常見的形式，包括準立法性干預、準司法干預，最主要的還是行政性的干預。行政性的干預包括非權力性的干預（建議、勸告、申報等等）和權力性的干預（審批、指示等）。但是這些都需要有法律依據或者是依法制訂的政令依據。地方政府對中央政府的干預不服時，可以要求中央與地方糾紛處置委員會進行獨立、中立、公正的審查和仲裁。
第四個方面，就是財力配置。從稅源的分配來看，國稅與地稅的比例大概是3：2，然後經過一般性轉移支付和專項轉移支付，從支出的結果來看，中央與地方支出比例大概是2：3。
第五個方面，關於事權配置。在市場經濟條件下，日本政府的行政事務及許可權主要可以分為外交、安全、治安、國土、土地利用、交通、社會資本、基礎設施建設、經濟活動、勞動、福利、保艦環境以及教育、文化體育等方面，如何將這些事權在各級政府間進行配置，不僅關係到社會公平的問題，同時也關係到行政效率的問題。
在國家、都道府縣、市村町三級的許可權分配中，有一項“非自治事務”也叫做“機關委任事務”，也就是說這些事務本來屬於國家的工作，應由中央政府來負責實施，但是考慮到這類事務與居民的生活直接相關，如果委託給地方來做的話，效率會更高，於是通過法律法規的形式來委託地方管理。這是地方公共團體的分類。由地方公共團體的首長，根據法律代替中央政府或其他地方公共團體，管理或執行的所謂“機關委任事務”，曾經被視為日本中央集權型行政體系的核心部分。需要說明的是，根據1999年7月制定的《地方分權一覽法》，日本對《地方自治法》進行了修訂，修訂後廢止了“機關委任事務”，並對中央政府與地方公共團體的作用和分工重新做出了明確的規定。廢除了“機關委任事務”制度以後，地方公共團體的行政事務被調整為自治事務和法定委任事務。