現行外貿公司出口貨物應退增值稅稅額，依進項稅額計算，具體計算公式為：應退稅額＝出口貨物數量×加權平均進價×退稅率，其退稅依據是外貿企業購進出口貨物的進價。而生產企業自營（委託）出口應退的增值稅是執行“免、抵、退”或“先征後退”，出口退稅的稅額取決於出口的離岸價銷售收入及其進項稅額。
在日常稅收管理中，大部分企業採用自營出口或委託外貿公司出口的形式，也有部分企業是把貨物銷售給外貿公司出口，由外貿公司辦理出口退稅的形式。這兩種形式由於在退稅方面採用不同的退稅方式，由此也會產生不同的結果。
一、企業直接自營出口舉例：如東台市某化工有限公司，主要以化工產品出口為主，2004年度自營出口銷售額10461萬元（暫不考慮內銷貨物的銷售額），可抵扣的進項稅額為870萬元，該公司自營出口執行“免抵退”稅政策，徵稅率為17%，退稅率為13%，則2004年自營出口銷售額10461萬元全免。由於退稅率的差異，應作進項稅額轉出：10461×（17%－13％）=418.44萬元，應退稅額的計算：①10461×13%=1359.93萬元，②應納稅額＝銷項稅額一進項稅額=0－（870－418.44）=－451.56萬元，取①②兩數較小者為應計算的應退稅額，則應退稅額為451.56萬元，①②兩數的差額=1359.93－451.56=908.37萬元，退稅扣減徵稅後該企業實際可得到的稅收補貼為451.56－0=451.56萬元。
二、企業委託關聯外貿公司出口
若上述公司在外地有關聯外貿公司，東台市某化工有限公司把產品以同樣的價格銷售給關聯外貿公司，關聯外貿公司再以同樣的價格銷售到境外，東台市某化工有限公司開具增值稅專用發票價稅合計10461萬元，則東台市某化工有限公司應納增值稅為10461÷（1+17%）×l7%－870=649.97萬元，外貿公司可得到退稅10461÷（1+17%）×13%=1162.33萬元。稅務機關徵稅649.97萬元，退稅機關退稅1162.33萬元，東台市某化工有限公司、關聯外貿公司兩公司實際可得到的稅收補貼為1162.33－649.97=512.36萬元。
通過以上例子，我們不難發現，為什麼同樣的外銷收入，卻產生截然不同的結果。
從徵稅機關來看，前者東台市某化工有限公司自營出口可徵稅0萬元，後者卻能徵稅649.97萬元，相差達到649.97萬元。顯然，企業自營出口不利於徵稅機關，因為多征的649.97萬元可以作為稅收收入任務，對地方財力來講，也相對有利。
從退稅機關來看，前者東台市某化工有限公司自營出口可退稅451.56萬元，後者卻能退稅1162.33萬元，相差達到710.77萬元。顯然，自營出口企業如在外地辦理關聯外貿企業可多享受國家退稅。
從東台市某化工有限公司、外貿公司兩公司來看，自營出口實際得到的稅收補貼是451.56萬元，而通過外貿出口實際得到的稅收補貼是512.36萬元，兩者相差達到60.8萬元。顯然，通過關聯外貿公司出口對東台市某化工有限公司更加划算。