隨著企業改革的不斷深化，企業投資、改組業務層出不窮，國家稅務總局先後制定了《關於印發<企業改組改制中若干所得稅業務問題的暫行規定>的通知》（國稅發[1998]97號）和《關於企業股權投資業務若干所得稅問題的通知》（國稅發[2000]118號），對解決企業股權投資、改組過程中的企業所得稅問題進行了明確，由於股權投資的處理比較複雜，而且前後兩個檔案對於股權投資處理的所得稅政策規定又有變化，因此，在執行中，我們發現有的企業在進行投資業務的企業所得稅處理上出現了一些問題，現結合工作中遇到的具有代表性的案例提出解決辦法如下。
[案例1]母公司對子公司賬面長期投資491萬元，持股比例為100%，該長期投資系多年前投入，一直採用成本法核算。2000年，子公司進行股份制改造，由會計師事務所進行審計，經審計後的所有者權益為3000萬元（子公司成立後未進行過利潤分配），母公司根據審計結果調增長期投資，會計分錄如下：
借：長期投資25 090 000（3000萬元-491萬元）
貸：年初未分配利潤25 090 000
審計後，子公司又進行了資產評估，評估後，確認所有者權益為4100萬元，即增值1100萬元，母公司做如下會計分錄：
借：長期投資 11000 000
貸：資本公積11 000 000
子公司根據協定，按淨資產1：1進行折股（即公司實收資本變為4100萬元），之後，母公司將股權轉讓64%（還剩餘36%），實現收入2624萬元，全部以現金收回，母公司賬務處理如下：
借：銀行存款26 240 000
貸：長期投資26 240 000
由於獲得了轉讓收入，母公司計算應繳納的企業所得稅（該企業為北京市新技術產業開發實驗區內企業，當年按15%稅率徵收企業所得稅），企業認為應僅就評估增值納稅，於是，計算出應納所得稅額為：
1100×64%×15%＝105.6（萬元）
筆者認為這樣計算是不正確的，按照《國家稅務總局關於企業股權投資業務若干所得稅問題的通知》（國稅發[2000]118號）規定，企業股權投資轉讓所得或損失是指企業因收回、轉讓或清算處置股權投資的收入減除股權投資成本後的餘額。企業股權投資轉讓所得應併入企業的應納稅所得，依法繳納企業所得稅。
確認股權投資轉讓所得的關鍵是如何確定股權投資轉讓的收入和股權投資成本，此例中，股權投資轉讓的收入很顯然是2624萬元，那股權投資成本呢，按照《企業所得稅稅前扣除辦法》（國稅發[2000]84號）第七條規定：納稅人的存貨、固定資產、無形資產和投資等各項資產成本的確定應遵循歷史成本原則。也就是計稅投資成本為初始投資成本，是投資者入股時向企業實際交付的出資金額。此例中，轉讓64%股權部分對應的股權投資成本應為314.24萬元（491× 64%），而不是母公司的會計投資成本，母公司的會計投資成本已由491萬元增加到4100萬元。
因此，正確的計算過程應為：
[2624-（491×64%）]×15%＝346.464（萬元）
即企業用轉讓收入2624萬元減去其對應的計稅投資成本314.24萬元（491×64%），乘以企業適用的所得稅稅率。