一、會計處理
對於企業取得代扣代繳個人所得稅手續費收入的會計處理方法，目前有三種觀點，即：計入往來款項、計入“其他業務收入”和計入“營業外收入”。
第一種觀點認為，該項收入是用於獎勵單位專門從事代扣代繳工作的辦稅人員的，所以其收支應該通過往來款項核算。這種觀點是不恰當的，因為單位取得的個人所得稅代扣代繳手續費收入並不完全用來獎勵具體辦稅人員的。根據《個人所得稅代扣代繳暫行辦法》(國稅發[1995]65號)規定，手續費收入可用於代扣代繳費用開支和獎勵代扣代繳工作做得較好的辦稅人員，而並不是完全用於獎勵辦稅人員。同時，《關於進一步加強代扣代收代徵稅款手續費管理的通知》(財行[2005]365號)也明確規定，單位所取得的手續費收入應單獨核算，計入本單位收入，用於“三代”管理支出，也可以適當獎勵相關工作人員。據此，該項收入不應計入往來款項，而應計入單位收入。
那么，該項收入是應計入“業務收入”還是“營業外收入”呢?
代扣代繳手續費是企業提供了—定勞務後取得的收入。企業只要正常履行了代扣代繳義務，該經濟利益就可以確定獲得。又由於手續費收入的比例是確定的，從而該經濟利益也是可以計量的，因而它符合勞務收入的確認原則。基於此，筆者認為，對於手續費收入，企業應計入“其他業務收入”，而非“營業外收入”。相應地，有關代扣代繳費用開支和對代辦人員的獎勵支出也應計入“其他業務支出”。
二、稅務處理
手續費收入對於單位來說，主要涉及流轉稅和企業所得稅。流轉稅方面，該項收入實際上是企業捉供了一定的勞務而取得的收入，因此應按照營業稅中“其他服務業”的稅目，按 5％的稅率交納營業稅；所得稅方面，該手續費不僅在會計上應作為收入核算，在稅法上，也應併入企業應納稅所得額，繳納企業所得稅(參考財行[2005]365號)。另外，《關於代扣代繳儲蓄存款利息所得個人所得稅手續費收入征免稅問題的通知》(國稅發 [2001]31號)規定，對於儲蓄機構取得的手續費收入，應按照規定交納營業稅和所得稅。當然，目前也有個別地區對手續費收入是免徵營業稅的，如黑龍江省就曾發文明確(詳見黑地稅發[1996]248號)，對於稅務部門委託代扣單位代扣稅金取得的手續費免徵營業稅，但這只是適用於個別地區的規定。
如果企業將取得的代扣代繳手續費收入獎勵給相關人員，那么相關人員要不要繳納個人所得稅呢?目前對於個人取得的手續費收入明確免稅的只有兩個方面(1)《關於個人所得稅若干政策問題的通知》(財稅字[1994] 20號)規定：個人辦理代扣代繳手續費，按規定取得的扣繳手續費免徵個人所得稅，(2)《國家稅務總局關於代扣代繳儲蓄存款利息所得個人所得稅手續費收入征免稅問題的通知》(國稅發[2001]31號)規定：儲蓄機構內從事代扣代繳工作的辦稅人員取得的扣繳利息稅手續費所得免徵個人所得稅。筆者以為，財稅字[1994]20號的免稅規定實際上只適用於個人作為扣繳義務人的情況。而在單位作為扣繳義務人時，不能適用該免稅規定。同時，國稅發[2001]31號的免稅規定是針對特定主體的特定行為，即儲蓄機構取得代扣代繳利息稅手續費，因此該文的免稅規定也不能適用於其他負有代扣代繳義務的單位將取得的手續費支付給相關人員的情況。當然目前在實踐中，對於單位獎勵給個人的代扣代繳手續費收入，稅務部門一般沒有要求併入相關人員個人工資、薪金所得徵收個人所得稅。筆者認為，在沒有明確的檔案規定的情況下，個人取得的單位獎勵代扣代繳手續費收入的免稅處理是不恰當的。