測試會計軟體系統控制的安全程度。對系統內部控制的審計，一般經過以下幾個步驟：①對內控進行了解：審計人員可以通過到被審計單位實地觀察、查閱系統的文檔資料等辦法，了解系統的內部控制。②對內控進行初步評價：評價系統控制是否已經設立、控制的布局是否合理、有無不必要的控制。例如計算機開發和維護部門以及系統使用部門的職責分離；憑證的輸入與審核應由不同人員擔任；只有經過授權批准的人才能執行登賬、對賬、結賬等會計處理操作。③對內控的執行情況進行符合性測試：主要是對設定的內部控制措施是否得到執行而採取的測試。審計人員可以先建立一個資料庫，其中所含一系列“錯誤”的會計資料(如不相關會計科目的分錄、不可能的科目餘額等)，然後輸入到會計軟體中，根據其核算處理後輸出的結果判斷軟體的可靠性。④對內控進行評價：通過以上步驟可以確定系統內部控制是否可以信賴；系統的各項功能是否都能實現；是否能滿足會計處理的各種需要等，為以後實施實質性測試指出重點。
2．檢驗會計資料的完整性。在企業採用會計電算化的情況下，可運用計算機技術來驗證會計資料的完整性。常規審計中極少對企業會計資料總體進行驗證，一般只對某一會計科目進行賬賬、賬表核對。過去我們對各鋼廠“應收賬款”、“其他應收款”上千戶明細賬戶進行匯總核對時，工作量很大，需要一、二天的時間，而現在一台普通的計算機，匯總各鋼廠一個月全部的會計憑證資料僅需幾十秒，對審計人員來講，要手工完成此項工作是非常困難的。具體操作時分三步：首先，根據企業年初的會計資料，確定會計科目的年初餘額，並輸入計算機中；其次，將企業當年的會計憑證庫轉化成審計人員熟悉並能操作的格式，再進行匯總計算以得出當年會計科目的發生額；最後，將年初餘額與發生額相累加以報表的形式輸出，並與企業的年報相核對，以驗證總體的完整性。
3．關鍵經濟業務的提取。對企業而言，大量的會計處理是日常性的事務，如報銷、成本核算、費用結轉等，而審計人員所關心的是一些關鍵的會計處理，在審計中運用計算機技術能對企業的會計資料庫進行分析，確認出在某一時期內金額較高的和核算異常的業務(如：單筆金額超過審計人員預先設定數，不經常變動的會計科目等)，人工分析並全部提取這些高風險的交易事項常常是難以做到的。審計人員對這些關鍵交易進行重點審計，一般都可滿足審計的需要。
4．對會計資料的分析及計算。對企業的會計資料進行分析、計算，這正是計算機審計的專長。例如考核企業貨幣回籠率指標的完成情況。在企業會計電算化的條件下，通過財務軟體中的憑證取數可以便捷地得到考核其內貨幣回籠額和銷售收入兩個數據，只需剔除非正常因素，就可計算出貨幣回籠率指標。如果以手工方式來核算是非常繁瑣的。
5．審計文檔的管理。計算機審計還可以運用辦公自動化軟體進行審計文檔管理，如審計通知書、審計方案、審計工作底稿、審計報告均可由計算機協助處理，方便日後的查詢及調閱，如果我們對某公司審計時，將全部的審計工作底稿均輸入到計算機中，在編寫審計報告時僅需調用底稿檔案、稍加修改即可完成。為審計工作的無紙化開創了條件。