1987年之前，日本作為海關合作理事會關稅稅則目錄（cccn）協定的簽約國，在外貿進出口商品分類方面一直使用cccn分類系統。從1988年1月1日起，日本開始採用編碼協調製（hs）系統。
關稅率由“海關稅率法”確定並予以公布。在已開發國家中，日本的平均關稅率比較低，特別是工礦產品的平均稅率只有2.1%.
關稅的減免、退還和償還
（1）減免
日本的關稅減免有“有條件減免”和“無條件減免”兩種形式。有條件關稅減免又分為“限制性減免”和“普遍減免”，享受何種待遇主要取決於貨物進口後的用途。此外，關稅減免又可分為“永久性減免”和“臨時性減免”，這主要取決於所依據法律的穩定性。
有資格申請關稅減免的進口商是有限制的，而且對經關稅減免後進口貨物的使用和用途有較嚴格的限制。
（2）退還
預付關稅後，發現貨物符合減免部分或全部關稅的規定，允許退還部分或全部關稅。目前，日本的退稅對象主要適用於被退回或被毀壞的貨物，以及為生產出口產品所進口的原材料等。
（3）償還
關稅償還與退還相似，二者的區別在於：關稅退還的對象為關稅交納者，而償還則不一定必須付給實際納稅人，也可償還給法律事務所指定的人。