③若土地出讓金、交易稅費，應補繳政府費用等也在法定優先受償權範疇之內，則估價師的盡職調查工作深度、廣度、難度都將更大，而且調查所得數據不一定準確，將影響估價結論的準確性。
2．對可比實例進行實地查勘的困難。就目前情況而言，估價所採用的可比實例的來源大多為估價人員自物業中介等處自行調查而來或是由房地產管理部門公布的市場交易案例，《意見》要求對可比實例“進行必要的實地查勘”，到底必要到什麼程度?要進入可比實例房屋內部幾乎不可能，甚至所在小區如果封閉式管理，也很難進入，那么最多只能了解到物業所處地理位置，對其內部狀況、景觀等不得而知。
3．《意見》中規定：“房地產估價行業組織已公布報酬率、資本化率、利潤率等估價參數值的，應當優先選用，不選用的，應當在估價報告中說明理由。”就目前情況，這些參數應該還沒有公布，大多是由估價師根據執業經驗自行制定，也給人為調節評估值帶來了操作空間，從促進抵押估價業務的健康發展方向來說，有關行業組織應該將其儘快公布。
4．《意見》中規定：“房地產抵押估價報告應當包括包括估價對象的變現能力分析”。這種分析應該是定性的還是定量的?如果是需要進行定量的分析，則數據的不確定性、費用項目的不完整性都是存在的問題。因為涉及抵押權實現而需對抵押物進行變現的情況，幾乎都需要經過司法途徑，涉及訴訟費用主要有案件受理費和申請執行費，另外還有執行中的實際支出費用，包括人民法院執行人員異地執行本案時按照國家有關規定標準支出的差旅費用，有人民法院或人民法院委託其他單位或個人進行的與本案有關的勘驗、鑑定、評估、拍賣、倉儲、保管、運輸等實際支出費用。另外，訴訟費用還包括抵押權人支出的律師費用等。這些費用和其他變現時應繳交的各種稅費等是估價人員難以估算清楚的。
5．作為規範房地產抵押估價的技術標準，《意見》也規定了“在處置房地產時，應當評估房地產的公開市場價值，同時給出快速變現價值意見及其理由。”這時的評估結論，亦即估價師應對其承擔估價責任的，是公開市場價值還是變現價值?而且處置房地產時的評估，評估目的應該改為“處置變現”或“強制拍賣”，報告名稱也不應再叫“房地產抵押估價報告”。
6．房地產估價不再作為其抵押過程中的必備要件，而且委託方由銀行承擔，對估價師及估價機構提出了更高的質量要求，對市場把握不準確，估價質量不理想，均可能導致其業務的萎縮，而且也會給自身帶來較大的執業風險，《意見》規定“在估價報告套用有效期內使用估價報告的，相關責任由出具估價報告的估價機構承擔，但使用者不當使用的除外”。
《通知》及《意見》的實施，對金融機構來說，也為其防範房地產信貸風險提供了支持，與以往的操作方式相比，也有不少新的地方：
1．金融機構在發放房地產抵押貸款前，應當確定房地產抵押價值，但抵押價值的確定可以由抵押當事人協商議定，不一定非得要進行評估，這樣的規定明確了金融機構如果有能力把握抵押物市場價值和對借款人的資信有信心，就可省去評估的時間和費用，為贏得市場競爭加分。金融機構還可以委託估價機構定期或者在市場價格變化較快時，評估房地產抵押價值。這就加強了金融機構在日常管理中控制貸款風險的能力。
2．《通知》明確了金融機構原則上應是房地產抵押估價的委託方，自行決定選用合適的房地產估價機構，並支付評估費用。這就理順了銀行、估價機構、借款人(抵押人)間的關係，明確了估價機構是為銀行提供服務，為銀行的信貸決策提供專業幫助並承擔責任的機構，避免由借款人 (抵押人)授意高估抵押物而導致的信貸風險。同時，銀行應盡委託方的責任為估價師提供估價所需的檔案資料及協助估價師對估價對象情況進行調查了解，與目前相比，銀行在這方面的工作量及責任也加大了。
3．由於《意見》明確了估價報告必須提供估價對象(抵押物)的抵押價值和變現能力分析，採用哪個價值作為信貸決策的基礎，將影響銀行制定的貸款“折扣率”。目前，據我們了解的情況，銀行通常以抵押物的評估價值為基礎，以60—70％的折扣率發放貸款，之所以會有這樣的折扣，正是因為出於風險控制的需要，把抵押物需要變現時產生的價格減損、應上繳稅費等考慮在內。但是《意見》實施後，抵押物的“抵押價值”中已扣除了房地產估價師知悉的法定優先受償款，如果按上文所述，假定抵押物在估價時點轉讓應繳納的各種稅費也包括在優先受償款中，那么這部分費用在估價結論中就已扣除了，銀行在制定貸款折扣率時不需再重複考慮；如果以估價報告對估價對象的變現能力分析為折扣率制定基礎，那么抵押物變現時產生的價格減損也已經包括在估價結論以內了。所以，無論以哪個價值為信貸決策的基礎，銀行目前的貸款“折扣率”都應進行適當調整。