企業價值評估方法的正確運用在於對具體待評估企業具體情況的綜合分析和了解。我們在對高新技術企業的評估中發現有這么幾個難點：
（1）一部分高新技術公司（包括大部分網路公司）以前乃至目前沒有盈利或是盈利甚微。這對評估師來說，意味著無法根據現在的盈利來計算盈利增長率；同時也無法採用基本公式計算增長率：
期望的增長率（ebit）=資本回報率×再投資率
因為公式中兩個輸入變數資本回報率與再投資率通常也是根據目前盈利計算出來的。對於虧損公司則無法得到這兩個變數
（2）大部分新成立的高新技術公司缺乏歷史數據。也就是說：缺乏一定數量的經營信息，這對評估來說，預測和推斷將缺乏有說服力的依據。因為評估師通常是利用過去的數據來估計當前的輸入變數，如估計風險係數和每年的營運資本。即使有的評估師不採用歷史數據，他在估算未來的增長率時，也總是要把算出來的期望增長率和過去的數據相比較，看看是否不會太出格。
（3）對於我國高新技術企業的情況來說，目前缺乏可比公司。這是因為一方面由於高新技術的千差萬別，一般很難找到行業、技術、規模、環境及市場都相當類似的可比公司。另一方面，我國的高新技術產業尚未真正形成，公司數量規模有限，而且真正的高新技術企業上市公司極少，所以要進行全面的比較條件還不成熟。而評估師們除了運用歷史數據外還常常還要利用可比公司的信息。如果缺乏這方面的信息就會給評估增加更多的難度。
（4）收入確認的問題：由於高新技術企業產品銷售和服務的特殊性可能導致其帳面收入與實際收入不符或風險增大。最典型的是軟體公司與網際網路公司，他們的收入確認問題在會計界引起很大的爭論，從而也給評估時對公司歷史的或現有的收入進行確認增加了難度。
雖然大部分高新技術企業在評估價值時會出現以上這些難點，但是評估師們還是能夠採用具體情況具體分析的辦法去處理和解決這些問題。比如說：對於目前仍是負盈利的公司，評估師可以採用盈利正常化、預測收入與利潤率以及降低財務槓桿等幾種辦法。而對於無經營歷史或無比較對象的公司我們可以採用公司歷史經營數據與可比公司的同步數據相互替代的方法。這些處理方法運用的關鍵在於對被評估公司的具體分析。