權責發生制和收付實現制究竟哪一種更適合社會保險基金，並沒有絕對固定的標準。
以養老保險為例。我國傳統養老保險制度採用的是現收現付模式。隨著我國人口老齡化的迅速到來，這種模式給企業和在職職工帶來極大支付困難。據中國社會科學院的一項研究表明，如一直沿用現收現付制，到2030年養老支出和工資總額的比例將達到41.8%，這顯然是企業難以承受的。因此，自1993年起我國養老保險基金模式開始由現收現付制向部分積累模式轉變。
以收付實現制為基礎的財務核算體系是適應於傳統現收現付模式的一種制度安排。而在部分積累模式下，這種僅僅注重資金的當期平衡而不顧長期運籌的核算方式是顯然不適合的。基金財務核算制度必須隨著基金模式的轉變而不斷變化、適應，否則就必然產生矛盾與問題。收付實現制向權責發生制轉變成為一種必然趨勢。
社保審計推動基金核算制度改革
有利於真實性審計的深化
真實的財務信息既是社保審計的基礎，也是社保審計的工作目標之一。收付實現制核算制度的財務信息失真問題，阻礙了真實性審計的深入開展，限制了審計經濟監督職能的發揮。為更好地履行審計職能，社保審計應一方面加大對錯誤信息糾正、披露力度，另一方面對收付實現制核算體系加以修正。
按照“明確目標，建立平台，健全隊伍，以審促法，以審促制”的社保審計工作思路，在目前社會保障制度尚不健全的情況下，我們“不是將主要注意力僅僅放在檢查現行政策規定的執行情況，而是要用審計的手段來揭露現行制度的不合理與空白點，檢討現行政策的效應，引導社會保障制度向健康、健全的方向發展。”這也是深化審計工作，提升審計質量的內在要求。社保基金財務核算制度作為社會保障制度體系的重要一環，國家審計應予以充分關注，並不斷推動制度本身的改革、完善。
有利於效益審計的實施
效益審計是國家審計的發展方向，也是社保審計的未來趨勢。以收付實現制為基礎的基金財務制度，無法為效益評估提供真實、完整的信息，使效益審計缺乏“真實性”基礎。同時，財務信息的不可比性也阻礙了經濟效益評價指標體系的建立，降低了經濟主體績效評價的質量，從而制約了國家審計經濟評價職能和經濟鑑證職能的發揮。著眼於效益審計在社保審計工作中的有效實施，必須首先推動社保基金財務核算基礎的改革與完善。
有利於審計目標的實現
我國社會保障審計三到五年的目標是要研究如何促進建立社會保障預算制度。社會保障審計要著眼於促進社會保障預算的建立，通過理論探索和大膽實踐，在三五年內構築一個完整的社保審計平台。促進建立社會保障預算目標的提出，為我國社保審計工作指明了發展方向。但也由此衍生了一個迫在眉睫的問題：社會保障預算制度的財務核算基礎是什麼？是否適應於社會保障資金運營模式特點？從前面的分析不難看出，如果以現行收付實現製作為核算基礎，所形成的社會保障預算的科學性和預算約束力將很難保證。社保審計的平台將成“危勢”，社保審計的目標也很難實現。因此，我們必須首先致力於社保基金財務核算基礎的改革與完善，為促進社會保障預算的建立夯實基礎。
改革模式與路徑的選擇
社保基金核算基礎由收付實現制向權責發生制轉換是一種必然趨勢，但並不是唯一解決方案。實際上，收付實現制與權責發生制只是會計核算基礎的兩種極端形式，在兩者之間存在很大的模糊區間。按照不同的趨向性，我們把它分為修正的收付實現制和修正的權責發生制。在我國，財政總預算會計和行政事業單位會計採用的是收付實現制度。基於這樣的制度環境，以修正的收付實現制度作為改革模式，顯然更為現實可行。
在改革路徑選擇上，應採取分別不同資金性質，先部分、後整體的循序漸進改革方式。先以社會保險基金財務核算改革為重點（可考慮先以養老保險基金核算改革作試點），針對不同險種基金運行特點，採取綜合性的改革方案。隨著制度環境的改善和政府會計改革的推進，將財政預算安排的社會保障資金逐步納入改革範圍。