薄層掃描法是用一定波長的光照射在薄層板上，對薄層色譜有紫外光和可見光吸收的斑點，或經激發後能發射出螢光的斑點進行掃描，將掃描得到的圖譜及積分數據用於藥品的鑑別、檢查和含量測定的方法。薄層掃描法具有分離效能高、快速、簡便等特點，因而適用於中藥的分析。薄層掃描法雖然精密度不如hplc法高，但可作為補充，，用於無紫外吸收，或不能用hplc法分析的組分如人參皂甙、貝母生物鹼等。
試驗條件的選擇
薄層色譜條件：原則組分應完全分離，斑點對稱，均勻，不拖尾。
（2）檢測方法：吸收測定法和螢光測定法兩種。在可見、紫外區有吸收的組分，可在200~800nm範圍內採用吸收測定法測定。有螢光的組分，可選擇好激發光波長（λex）和發射波長（λem），用螢光法具有專屬性強、靈敏度高和線性範圍寬度等特點。
（3）測量方法：有反射法和透射法兩種。反射法是將光束照射到薄層斑點上，測量反射光的強度；反射光靈敏度較低，
受薄層厚度影響較小，基線較穩，信噪比較大，因而使用較多。透射法受薄層厚度影響較大，且玻璃對紫外光有吸收，所以實際套用較少。
（4）掃描方式：有單波長和雙波長兩種。雙波長是兩束不同波長的光，一束測量樣品稱測定波長（λs）；另一束作為對照，稱參比波長（λr）。兩束光通過斬光器交替照射到斑點上，以吸收度之差δa定量。雙波長可以消除薄層不均勻的影響，使基線變得平穩。測定波長一般選測定組分的最大吸收波長，參比波長可選在組分無吸收的位置，若背景光譜中與λs的等吸收處，可達到排除背景干擾的目的。單波長法通常用斑點吸收光譜的測定。
掃描方式還有線性掃描和鋸齒掃描：線性掃描是用一束比斑點略長的光作單向掃描，掃描速度快，但斑點形狀不規則或濃度不均勻時誤差大，主要用於螢光測定；鋸齒掃描是用一微小的光束同時互相垂直的兩個方向進行鋸齒狀掃描，由於光束小（1.25mm*1.25mm），光束內部濃度差異可以忽略不計，因而受斑點形狀和濃度分布的影響小。
（5）散射參數sx：由於薄層對光散射，其吸收度a和濃度kx之間不服從比爾定律，而符合k-m方程，其吸收度由於散射而減小，a-kx曲線偏向橫軸，不成直線，其形狀與sx有關。為測定方便。薄層掃瞄器均裝有線性化器，用於對工作曲線進行校正，使其成為直線。因此，測定時需輸入散射參數sx值。不少薄層板的sx值已知。若未知，可根據校正結果判斷（圖）。
測定方法的選擇
外標法：若標準曲線經過原點，可用一點法校正，如不通過原點，宜採用二點法校正，必要時用多點校正法。測定時，供試品溶液和對照品溶液應交叉點於同一薄層板上，供試品點樣不少於4個，對照品每一濃度不少於2個。
內標法：內標法是將內標加入供試品溶液和對照品溶液中以其峰面積的比值作為定量依據。目前套用較少。
注意事項 影響因素較多，測定時應注意以下幾點：薄層厚度應均勻，表面應平整，最好使用預製板；點樣應準確，原點大小應一致；噴灑顯色劑應均勻，量適中；並用膠布加以固定。
本法的線性範圍較窄，應在其線性範圍內測定。
中國藥典（95版）有17種藥材和製劑用本法測定含量。
示例 腦得生丸中人參皂甙的含量測定。
精密稱取供試品2g，置索氏提取器中先用乙醚除去脂溶性雜質，再用甲醇連續回流提取人參皂甙，揮去甲醇，殘渣加水溶解後，用正丁醇提取純化，正丁醇減壓回收後，殘渣加甲醇溶解，作為供試品溶液；另取人參皂甙rg1對照品，加甲醇製成每ml含0.5mg的溶液，作為對照液。吸取供試品溶液2~4μl，對照品溶液2μl和4μl分別交叉點於高效矽膠g薄層板上，以氯仿- 醋酸乙酯-甲醇-水（15：40：22：10）5~10℃放置12小時的下層液為展開劑，展開，取出，晾乾。噴以10%硫酸乙醇溶液，110℃加熱至斑點顏色清晰，取出，在薄層板上蓋同樣大小的玻璃板，用膠布固定，照薄層掃描法測定，波長：λs = 525nm，λr = 700nm，測定供試品和對照品吸收度積分值，計算，即得。
本法使用兩點校正法，標準曲線可用計算器作線性回歸處理，也可按下式計算，因 m = a + ba故 b = （m1 - m2）/（a1 - a2）， a = m1 - ba1
高效液相色譜法
分離效能高、分析速度快，套用範圍廣，其準確度和重線性均優於薄層掃描法，是中藥製劑含量測定的手選方法。95版一部已有12種藥材和製劑用高效液相色譜法測定含量，並有增加趨勢。
色譜條件的選擇
多用反相高效液相色譜法（rp-hplc），及非極性的固定相，其中以十八烷基鍵合矽膠（ods）套用最多；使用甲醇-水或乙腈-水的混合溶劑作為流動相。使用反相色譜，製劑中極性的附加劑及其他干擾組分先流出，不會停留在色譜柱上污染色譜柱。若分離酸性組分，如丹參素、黃芩甙、甘草酸等，可在流動相中適量加入酸，如醋酸、磷酸，以抑制其解離；對酸性較強的組分，也可使用離子對色譜法，常用的反離子試劑有氫氧化四丁基銨等。若為鹼性組分，如小檗鹼、麻黃鹼等，多採用反相離子對色譜法，在酸性流動相中加入烷基磺酸鹽，有機酸也可使用無機陰離子，如磷酸鹽作為反離子。一般使用紫外檢測器，紫外檢測器靈敏、穩定。