顯微鑑別系指用顯微鏡對藥材的切片、粉末、解離組織或表面製片及成方製劑中藥味的組織、細胞或內含物等特徵進行鑑別的一種方法。
鑑別時選擇有代表性的樣品，根據各該藥材鑑別項的規定製片。成方製劑根據不同劑型適當處理後製片。
一、橫切片或縱切片：選取藥材適當部位，軟化後用徒手或滑走切片法，切成10～20μm的薄片,選用甘油醋酸試液、水合氯醛試液或其它試液處理後觀察。必要時可包埋後切片。
二、粉末製片：取粉末少量，置載玻片上，攤平，選用甘油醋酸試液、水合氯醛試液或其它適當試液處理後觀察。
三、表面製片：將樣品濕潤軟化後,切取一部分或撕取其表皮,加適宜的試液觀察。
四、解離組織片：如樣品中薄壁組織占大部分，木化組織少或分散存在，可用氫氧化鉀法；如果品堅硬，木化組織較多或集成較大群束，可用硝鉻酸法或氯酸鉀法。在解離前，應先將樣品切成寬或厚約2mm的小條或片。
1．氫氧化鉀法
置樣品於試管中，加5％氫氧化鉀溶液適量，加熱至用玻璃棒擠壓能離散為止，傾去鹼液，加水洗滌後，取出少量置載玻片上，用解剖針撕開，以稀甘油裝置觀察。
2．硝鉻酸法
置樣品於試管中,加硝鉻酸試液適量，放置，至用玻璃棒擠壓能離散為止，傾去酸液，加水洗滌後，照1．法操作裝置。
3．氯酸鉀法
置樣品於試管中，加硝酸溶液(1→2)及氯酸鉀少量,緩緩加熱，待產生的氣泡漸少時，再及時加入氯酸鉀少量，以維持氣泡穩定地發生，至用玻璃棒擠壓能離散為止，傾去酸液，加水洗滌後，照1．法操作裝置。
五、花粉粒與孢子製片：取花粉、花葯（或小的花朵）或孢子囊群（乾燥樣品浸於冰醋酸中軟化），用玻璃棒搗碎，過濾於離心管中，離心，取沉澱加新鮮配製的醋酐與硫酸(9∶1)的混合液1～3ml，置水浴上加熱2～3分鐘，離心，取沉澱，用水洗滌2次,加50％甘油與1％苯酚3～4滴,用品紅甘油膠封藏觀察。也可用水合氯醛試液裝置觀察。
六、細胞及細胞內含物等的測量：在顯微鏡下測量細胞及細胞內含物等的大小，可用目鏡測微尺測量。先將目鏡測微尺裝入目鏡內，用鏡台測微尺標化。標化時，轉動目鏡，移動鏡台測微尺，使兩種量尺的刻度平行，左邊的“0” 刻度重合，再找第二條重合刻度。根據兩條重合刻度間兩種量尺的小格數，計算出目鏡測微尺每小格在該物鏡條件下所相當的大小（μm）。測量時,以目鏡測微尺測量目的物的小格數，乘以每一小格的大小(μm)。通常是在高倍物鏡下進行，但欲測量較長的如纖維、非腺毛等的長度時,則以在低倍物鏡下測量較為方便。記錄最大值與最小值（μm）,可允許有少量略高或略低於藥典規定的數值。
七、細胞壁性質的檢定：
1．木質化細胞壁
加間苯三酚試液1～2滴，稍放置，加鹽酸1滴,因木化程度不同,顯紅色或紫紅色。
2．木栓化或角質化細胞壁
加蘇丹ⅲ試液，稍放置或微熱，顯橘紅色至紅色。
3．纖維素細胞壁
加氯化鋅碘試液；或先加碘試液濕潤後，稍放置,再加硫酸溶液(33→50)；顯藍色或紫色。
4．矽質化細胞壁
加硫酸無變化。
八、細胞內含物性質的檢定：
1．澱粉粒
（1）加碘試液，顯藍色或紫色。
（2）用甘油醋酸試液裝置，置偏光顯微鏡下觀察,未糊化的澱粉粒顯偏光現象；已糊化的無偏光現象。