設立內部審計機構的首要原則就是確保獨立性，這也是國際內部審計界的共同經驗和基本主張。基於
此，具體設定的建議如下：
1、建立現代企業制度的企業，一般採取在董事會領導下設立獨立的內部審計機構，也可採取設立審計委員會領導審計機構。
2、未改制的大中型企業，其內審機構設定可由其主管部門設立派出機構。其人、財、物由主管部門統一管理以加強其獨立性。
3、一般小型企業可根據需要自行決定是否設定內部審計機構，未設立的由主管部門加強監督。
4、主管部門內部審計機構實行下審一級制度並推行聯合審計、輪迴審計、定期審計，更好地發揮主管部門內部審計機構的整體優勢。
5、主管部門內部審計機構應加強對企業內部審計機構的業務指導，幫助培訓業務人員，促進企業內部審計工作的開展。