生物鹼的提取與分離方法有多種，選用何種方法要根據植物中生物鹼的性質和存在狀態，以及目的而定。
┌ 水蒸氣蒸餾法：用於具有揮發性的生物鹼，如麻黃鹼及液體生物鹼。
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·生物鹼常用提取方法┤ 升華法：用於具有升華性的生物鹼，如咖啡鹼。
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└ 溶劑法：用於大多數生物鹼。
·總生物鹼的提取，主要介紹溶劑提取法
1. 水或酸水提取法
原理：①利用生物鹼鹽易溶於水，難溶或不溶於親脂性有機溶劑的溶解性能，用水進行提取。
②用酸水提取可使生物鹼都以鹽的形式被提出，提高提取率。
常用的酸：0.5％～1％的乙酸、硫酸、鹽酸或酒石酸等。
提取方法：浸漬法、滲漉法、煎煮法。
此方法的缺點是提取液體積大，濃縮困難，水溶性雜質多。
2. 醇類溶劑提取法
原理：游離生物鹼及其鹽一般都能溶於乙醇和甲醇。
提取方法：浸漬法、滲漉法、加熱回流（連續回流）提取法。
此方法的缺點是含有大量脂溶性雜質。
3. 親脂性有機溶劑提取法
原理：利用游離生物鹼易溶於低極性有機溶劑，進行提取。
提取方法：冷浸法、加熱回流（連續回流）提取法。
此方法的特點是 ① 提取前需用鹼鹼化。
② 只能提取親脂性生物鹼，親水性生物鹼不被提出。
③ 雜質少，易於進一步純化。
④ 毒性大，易燃易爆。