一、業務經營
上市公司的經濟業務越複雜，註冊會計師的審計風險就越大。有時註冊會計師雖然能蒐集到很多有力的審計證據，但仍難以證明其經濟業務的實質。在此種情形下，註冊會計師往往要冒很大的審計風險。如：(1)關聯方交易。有的上市公司通過關聯方交易將巨額虧損轉移到不需審計的關聯企業，隱瞞真實的財務狀況。有的則與其關聯企業杜撰一些複雜交易，單從會計方法上看，其利潤的確認過程完全合法，但它卻永遠不會實現。由於關聯交易的複雜性及內部控制、審計測試固有的局限性，註冊會計師很難發現關聯方及其交易的所有錯報、漏報。(2)非常交易。不少上市公司為了“扭虧為盈”或達到規定的配股條件，常常採用非常交易，如出讓土地、設備、股權等，年末發生非常銷售業務、收取政府補貼等，從中獲取非常收益。(3)非貨幣性交易。有許多上市公司的交易業務是非貨幣性的，如轉讓土地、股權等巨額資產，沒有現金流入，只是借記應收賬款，同時確認轉讓利潤。還有一些公司通過非法渠道將資金拆借出去，或者將資金投入子公司，這些資金或資本實際上已難以收回，卻仍在以此確認利息收入或投資收益。(4)跨地區交易和涉外交易。許多上市公司的業務是跨地區甚至是跨國經營的。有的國家或地區可以以一元錢註冊一個公司去進行數億元的業務而沒有法律限制；多數上市公司在全國各地有子公司或分銷點，致使審計範圍受到限制，嚴重困擾註冊會計師實施審計程式，審計風險便在所難免。(5)主營業務嚴重虧損。與上述幾種情況相關聯的是，一些上市公司的主營業務不突出，甚至是虧損。已虧損上市公司的許多扭虧，也是通過非常交易、非貨幣交易、關聯交易等手段而不是通過主營業務來實現。
二、資產重組
近兩年來，上市公司的資產重組行為越來越多，有剝離、收購或兩者混合等形式。不論採取何種形式，都有可能產生很多問題。如股權變更的標誌是什麼?如何確定重組購買日?重組相關公司的優質資產、不良資產的計價標準是否一致?資產置換、注入優質資產、剝離不良資產、剝離非經營性資產的會計處理是否合法、合規和公允?被購併方的債權債務是否真實?是否存在有負債或損失?重組中是否存在操縱利潤、虛盈潛虧的問題?對關聯單位、關聯交易的界定是否準確?對關聯交易的計價和會計處理是否正確?這些問題的存在，大大增加了註冊會計師的執業難度和風險。
三、複雜的控股關係
有的公司為了達到一定目的，會通過各種辦法改變股權結構。從表面上看，有些交易是兩個獨立法人之間的交易，而實際上是關聯交易。由於我國目前還沒有披露終極所有者的規定，許多註冊會計師也很少關心上市公司與其子公司之間的真正關係，往往看不出公司安排的圈套。
四、法律糾紛
由於種種原因，現在越來越多的上市公司涉及法律糾紛，有的公司甚至同時涉及多個法律糾紛並造成數量不等的負債或損失，致使公司陷入極度財務困境甚至失去持續經營能力。
五、違法違規的融資行為
上市公司改制上市以前，往往沒有仔細考慮將籌得的資金投入何種項目，資金籌得後，又面對股民要求報酬的壓力。於是，就很容易出現亂存亂投現象，各種非法和非規範的融資行為也應運而生。如有的給集團公司長期占有，有的存在境外金融機構炒外匯，有的請證券公司炒股票等等。