總的來看，當前領導幹部任期經濟責任審計工作進展比較順利，但要全面推行還存在著一些困難和問題，必須引起我們的高度重視，並要積極採取措施，儘快加以研究和解決。來源：
一、全面推行領導幹部任期經濟責任審計制度存在的困難和問題
1.審計監督覆蓋面小。對黨政領導幹部和國有企業領導進行的任期經濟責任審計工作雖然開展得比較早，但發展很不平衡，一些地方還沒有真正開展起來，已經開展的地方大多也是審計縣級以下的黨政領導幹部。但是，將審計機關的審計監督對象限定為縣級以下的黨政領導幹部，顯然已不適應形勢發展的要求。如果不加大對黨政領導幹部特別是縣級以上黨政領導幹部經濟責任的審計監督力度，不及時查處和糾正領導幹部的違法違紀問題，就不利於推動我國的改革開放事業和經濟發展，不利於加強黨的廉政建設，也不利於樹立領導幹部在民眾中的良好形象。儘快實行對縣級以上黨政領導幹部經濟責任審計制度已成為形勢發展的迫切要求。
2.少數部門對領導幹部任期經濟責任審計工作重視不夠。有的幹部管理部門沒有真正把領導幹部經濟責任審計貫穿於監督管理中，評價和任用幹部時只是委託審計機關走走形式而已；有的在幹部已被提拔任用後，才委託審計機關對其進行審計，給審計工作增加了難度。存在這些問題的主要原因是沒有從講政治的高度來認識經濟責任審計的重要意義，沒有真正認識到經濟責任審計是加強幹部監督管理，促進依法行政、依法治國的重要舉措。
3.經濟責任審計結果運用中的不透明和缺乏標準等問題，影響了審計效果的發揮。按照中辦、國辦規定，任期經濟責任審計結束後，審計機關根據審計情況寫出審計結果報告，審計結果報告在報同級人民政府的同時，抄送幹部管理部門；審計機關的經濟責任審計結果只對幹部管理部門負責，不公開披露。幹部管理部門如何運用審計結果以及審計結果運用情況如何反饋等沒有明確規定，至於存在什麼經濟問題的幹部應提醒、誡勉、追究責任以及降職、免職等也沒有具體標準。審計結果不公開、不透明，審計結果運用缺乏標準，不利於將民眾監督與審計監督結合起來，也不利於審計人員在民眾監督下，不徇私情、客觀公正地實施審計。
4.對經濟責任審計的定位問題還存在模糊認識。經濟責任審計是審計機關利用審計手段從財政、財務收支角度認定領導幹部的經濟責任，但並不是認定領導幹部的全部經濟責任；領導幹部經濟責任審計結果也不是對領導幹部的全部業績的評價和鑑定。經濟責任審計具有局限性，審計結果只能作為考核任用幹部的參考依據，這一點是非常明晰的。但有的審計機關對經濟責任審計的定位問題還存在著模糊認識，出現了兩種傾向：一種是過於強調審計結果的局限性，對審計內容不做深入細緻的研究，審計過程中只偏重於審計與財政、財務收支有關的經濟責任，對一些與財政、財務收支有關的經濟活動缺乏監督力度，審計風險很大。另一種是對審計結果的局限性認識不充分，對領導幹部的經濟責任面面俱到地去評價，對一些沒有查深、查實的問題盲目定論。有的幹部管理部門把經濟責任審計定位為對領導幹部經濟責任的全面考核，把經濟責任審計結果理解為是對領導幹部的全部經濟責任的評價，認為領導幹部經過審計後沒有發現經濟問題就意味著“清正廉潔”，在對領導幹部調任、免職、辭職、退休等提出審查處理意見時不是客觀地分析運用審計結果，而是將審計結果的運用簡單化、絕對化。
5、經濟責任審計機構設定、人員配備和經費保障等問題還沒有根本解決，影響了審計工作的正常開展。隨著市場經濟的發展，各級審計機關的工作量急劇增加，審計力量不足的矛盾十分突出。