上市公司治理結構缺失已成為我國證券市場上許多問題的根源，如一些上市公司管理層既可以作為國家股的代表不理會中小股東的意見，損害小股東利益，又可以作為內部人不理會國家股這一大股東的意見，損害國家利益。在此情形下，上市公司花錢委託註冊會計師審計其財務報表便有了別的意義。失去了“角色立場”的委託者總是力圖購買審計意見或與註冊會計師合謀完成利益驅動過程，失去了“真正的委託人”的註冊會計師被迫在收益與風險的夾縫中苦苦徘徊。
於是，“獨立董事”呼之欲出。上市公司董事會必須設定不少於1／3的獨立董事，其中至少一名為會計專業人員。獨立董事將在董事會下設的審計委員會等專業委員會中體現“獨立”的價值。獨立董事具有向董事會提議聘用或解聘會計師事務所、單獨聘請外部審計機構或諮詢機構等特別職權，並就上市公司重大關聯交易的公允性等事項發表意見。
獨立董事的引入，對於獨立審計而言至少有三大益處：其一，委託需求的虛假動機將有所降低。在目前上市公司中，由於股東大會和董事會往往被內部人控制，因此，本應當作為投資者決策需求的外部審計缺少“真正的委託人”，而管理層期望藉助註冊會計師改善財務報表形象的努力卻十分強烈。由獨立董事提議或聘請外部審計機構，在一定程度上能夠制衡操縱財務信息的“不當委託”，有助於克服註冊會計師被動接受造假“要約”的市場障礙。
其二，獨立董事發表的有關意見，為註冊會計師的評估結論、出具的審計報告，提供了可信度較高的佐證。獨立董事對上市公司管理層的資產重組、債務重組、非常交易等出具的獨立董事報告，是以其獨立於控股股東、經理人及其他利害關係人的立場，並以其專業經驗、資歷和聲望等身份為基礎而做的，註冊會計師可視為外部證據，運用專業判斷予以證實。 來源：
其三，獨立董事在董事會下設的審計委員會中任職，將有助於內部控制制度的適當設計及有效運行，也便於註冊會計師對內部控制執行情況的測試與評價。獨立審計是制度基礎審計，即在了解、測試和評介內部控制的基礎上，對被審計單位賴以生成的財務信息進行鑑證。在對內部控制的控制環境執行審計程式時，國際上的通行做法是觀察董事會中是否設立了審計委員會，這對於印證內部控制設計的合理性和完整性具有重要意義。
獨立董事制度的建立，為註冊會計師的獨立審計增添了獨立性和公正性的砝碼。註冊會計師的監督作用與獨立董事制衡作用的合成對於上市公司的穩健運行將起到良性互動作用。
但也應看到，並非獨立董事制度的建立就必然解決財務信息失真的痼疾，比如鄭百文，便是在聘請了獨立董事之後加緊“擺弄”會計數據的。因此，獨立審計應當在形式上和實質上獨立於獨立董事之外，以投資者利益和社會公眾利益為指針，不斷培植公信力。