1858年4月1日，克拉克—洛克菲勒公司掛牌營業。鑒於洛克菲勒已經小有名氣，當地的報紙，《克里夫蘭領導者報》為這家公司做廣告說：“作為負責任、有經驗的商人，我們推薦廣大讀者惠顧這家新企業。”
階段3第一次失誤：一船黃豆被摻了半船的石頭
“克拉克，糟了。”
一大早，洛克菲勒火急火燎地對克拉克喊了起來。
洛克菲勒的表現，讓克拉克感到既意外又好笑。認識洛克菲勒三年多以來，他第一次見洛克菲勒失態。與洛克菲勒不同，克拉克要隨意得多。儘管公司損失，他的損失一文不比洛克菲勒少，但看到洛克菲勒急得要命的樣子，克拉克還是忍不住笑了起來。
“你到外面貨船上去看看，保你再也笑不出來了。”洛克菲勒大聲對克拉克說。
“貨船？貨船怎么了？”克拉克一邊嘀咕，一邊走出門去。
走進貨船，克拉克一下子懵懂了。“約翰，我們不是訂的黃豆嗎？怎么全是石頭和垃圾啊！”克拉克大喊大叫起來。
整個一天，克拉克—洛克菲勒公司的兩位合伙人，在愁眉苦臉中，開始從垃圾堆中撿黃豆。一船的黃豆與垃圾、小石頭塊，讓兩位準備在農產品貿易中大幹一場的年青人，一下子消失了很多熱情。
洛克菲勒不愧是做財務的，經過一晚上的反覆計算，這筆生意，公司賠了200美元。為了做繼續做生意，至少還要籌措400美元。
克拉克是情緒大起大落型的，來得快，消失的也快。
那好吧，約翰，我們各自補足200美元，一周后交到公司。”
克拉克有弟弟，還有父親，都可以短期拆借。洛克菲勒可犯難嘍。弟弟威廉雖然工作了兩年，但200美元是沒有的。再說了，即使有，家裡日常也得用啊。無奈，儘管一百個不情願，也只好硬著頭皮向父親借了。
這次黃豆事件，對年青的洛克菲勒來說，既是壞事，也是好事。借這件事，他一方面對合伙人克拉克的細緻管理能力不足有了深刻認識，也對自己投身宗教事務的時間管理進行了細緻而深刻的反思。對於關於反思，勤於總結的洛克菲勒來說，黃豆事件是一次塞翁失馬焉知非福的意外。
一船黃豆，居然被人摻了半船的石頭與垃圾。垃圾黃豆事件促使洛克菲勒做了深刻反省，是不是教會有點小成就後，自己過於自得了？洛克菲勒多次反躬自問。在深刻自我反省的同時，洛克菲勒制訂了嚴格的工作與教會之間的時間分配表。經過近三個月的撿垃圾，那半船黃豆也陸續賣掉了。
1858年底，克拉克--洛克菲勒公司獲得了4200美元的利潤，按照股份，洛克菲勒獲利2100美元。