近年來，有些賣豆芽的商販為了催芽速生，縮短豆芽的生長期，並使其粗壯，往往在生產加工豆芽的過程中，在豆芽中施放化肥，如尿素、硫酸銨、硝酸銨等。浸泡豆芽的化肥，都是含銨類化合物，它們在細菌的作用下，可以轉變成亞硝胺，而亞硝胺是一種致癌物質。因此，用化肥催生豆芽是不科學的，應該予以禁止。
自然培育的豆芽，芽身挺直，芽根不軟，組織結構脆嫩，有光澤且白嫩，稍細，無爛根、爛尖等現象。用化肥浸泡的豆芽色澤灰白，芽桿粗壯，根短、無根或少根，豆粒發藍；如將豆芽折斷，則斷面有水分冒出，有的還殘留有化肥的氣味，如帶有氨臊味。這種豆芽是不能食用的。