礦物質缺乏的表現及其後果已在動物和人體方面積累了許多資料，其缺乏的原因複雜多樣，大致歸納如下：
原發性缺乏的產生主要由於攝人食物中必需礦物質含量不足。礦物質缺乏常見於幼小動物、生長發育迅速的兒童、妊娠、哺乳期婦女及某些疾病消耗過多，或運動量過大，勞動強度過大等，長期腸道外營養亦是導致礦物質缺乏的重要原因。
繼發性缺乏則是食物中必需礦物質尚充足，但機體仍出現礦物質缺乏情況，可見於下列原因。
遺傳因素和生理缺陷的影響。如腸源性肢體皮炎系常染色體隱性遺傳性疾病，患者因腸黏膜細胞的主動載體介導系統缺陷，故正常鋅需要量增加。捲髮綜合徵系隱性遺傳性缺銅，患者小腸黏膜細胞含銅量高，但動用、轉運銅有生化缺陷，增加銅鹽補充有一定療效。先天性運鐵蛋白缺乏症因鐵利用和轉運障礙而致頑固性缺鐵性貧血。
一般說來，礦物質的體內濃度以反饋形式調節其消化道吸收。若體記憶體在遺傳性或獲得性生理生化缺陷，則將影響有關礦物質的吸收、利用和排泄，造成某礦物質的缺乏或過剩，又如三低綜合徵、肝豆狀核變性、鐵利用障礙性貧血等疾病，均屬於此類。
藥物對礦物質吸收的影響也是其中重要因素，如多價磷酸鹽、青黴胺、四環素、避孕藥等，由於這些藥物能與某些礦物質形成絡合物或難溶性複合物而影響其吸收。比如可與鋅、銅等金屬形成絡合物，干擾鋅吸收或增加尿銅的排泄量。
此外像食物成分與礦物質的相互作用也可能造成礦物質缺乏。不同食物中礦物質生物利用度各異，動物蛋白中鋅、鐵吸收一般較植物蛋白為高。人乳中鋅、鐵含量雖比牛奶低，但吸率比牛奶高。植物中植酸和纖維可致某些礦物質缺乏。