東林黨獄
明熹宗時，政治極度腐敗，太監魏忠賢獨攬大權，自稱“九千九百歲”;實行血腥鎮壓，他控制衛廠特務機構，爪牙遍及各地，隨意殺人，施行刑罰。他又拆毀全國書院，許多東林人物被迫害致死，朝野忠良盡去，還殃及邊防將帥，如熊廷弼、袁崇煥等。明思宗繼位後，對東林黨的迫害才告停止，東林黨在崇禎初年暫時抬頭，但明思宗又說：“朕御極之初，撤還內鎮，舉天下大事悉以委大小臣工，比者多營私圖，罔恤民艱，廉謹者又迂疏無通。”在處斬袁崇煥後，東林黨的聲勢又告衰落[5]，皇帝最後只能信任宦官，閹黨勢力復起。
東林諸人，多數是知直不知曲的君子，對個人聲名之看重甚於國家利益，爭意氣而不爭是非，君臣之間尤喜意氣用事，明萬曆朱翊鈞則因為立儲一事與大臣反覆較量，最終雖屈服於眾意，竟置江山社稷於不顧，深居後宮不問國事達三十年之久。黃宗羲《明儒學案》說：“天下君子以清議歸於東林，廟堂亦有畏忌。”“東林中亦多敗類，及攻東林者，亦間有清操之人。”“方東林勢盛，羅天下清流，士有落然自異者，詬誶隨之矣。”凡不合東林人士法眼者，就被視為小人，齊楚浙黨不一定服氣魏黨，但一時走投無路，大多投靠魏忠賢門下。魏忠賢的助手魏廣微之父魏允貞生前和趙南星、顧憲成是好友。魏廣微當了大學士後，以子侄輩的禮數三次登門拜訪，趙南星硬是閉門不納，逢人便說“見泉無子”，魏廣微深恨不已，慫恿魏忠賢殘酷鎮壓東林黨人。高陽批評趙南星“正氣可敬，卻微嫌剛愎，行事直道而行，不說後果，因而把一些游離分子都逼到閹黨那面”。美國學者賀凱(Charles O.Hucker)在《明末的東林運動》一文說：“明末東林運動的失敗，代表傳統儒家價值觀念與現實惡劣政治勢力鬥爭的一個典型，他們是一支重整道德的十字軍，但不是一個改革政治的士大夫團體。”