人與自然和諧相處的內涵和本質和諧是指系統中各要素、各部分之間配合得勻稱和得當。一個生態系統，尤論是在全球、地區，還是局部區域，都是複雜的牛物群落與所處的環境(包括水、大氣、土、岩石等)相互依存、相互制約、相對穩定又有自組織功能的一個系統，水是其中最活躍、最重要的控制性要素。在潤澤萬物的同時，水又以其自身的豐枯規律、動力特性，影響著整個自然界的演進和變化。生態系統所有生命要素因水而生，依水而存，對水的量變和質變十分敏感。興水利、除水害，人類社會在與水的相依相伴中，在與水的抗爭中，得到了繁衍和發展。在治水中處理好人與自然的關係已經成為人類持續生存和發展的重要任務。
所謂治水中堅持人與自然和諧相處，就是指以人為本，堅持人與自然關係的平衡與協調。在整個流域生態系統的框架下，處理好人類活動與水利水害的關係，合理地趨利避害，正確對待洪水、乾旱等自然災害，降低水污染等人為災害，在將水對人類造成危害的程度降低到可以承受的同時，儘可能降低人類活動對水體循環的干擾，減少人對水的侵害；處理好人類取用水與自然界其他用水的關係，將水資源的開發利用控制在能夠保持水體基本功能、水資源可以持續利用的狀態，使水在為人類造福的同時，能夠為整個自然界造福。
在治水中堅持人與自然和諧相處的觀念，反映出價值取向的變化。由“以人為中心”和人控制自然、統治自然的價值理念，轉變為以人為本、全面、協調、可持續發展的理念，強調人與自然和諧發展，共同進步。在治水中堅持人與自然的和諧相處，體現了思維方式的變化。由孤立的、單目標的思維模式，轉變為系統的、全面的、辯證的思維模式，由以往的經濟成長為唯一目標，轉變為經濟成長與生態系統保護相協調，統籌考慮各種利弊得失，在改造自然滿足人類需要的同時，約束人類自身的行為，兼顧自然界的和諧與穩定。人與自然和諧的理念涉及治水的方方面面，從思路、對策、措施，到規劃、設計、管理，都需要不斷探索，不斷實踐，不斷創新。
二、人與自然和諧相處是經濟社會發展到一定程度、一定階段的必由之路，是人類總結經驗教訓後的必然選擇
在工業革命之前的漫長歷史中，生產力水平相對較低，人類活動對自然界的影響較小，人與自然保持著相對和諧的狀態。在哲學上，強調“天道”和“人道 ”、“自然”和“人為”的相通、相類和統一的觀點。莊子認為，“天地與我並生，而萬物與我為一”，人與天本來合一；孔子提倡“天命論”，把“天命”奉為萬物的主宰，要人們“尊天命”“畏天命”；老子主張 “自然無為”，認為人在自然和社會面前是無能為力的。這種樸素的“天人合一”的觀點，造成了中國占代一種人與自然親近和諧的關係。在對待洪水方面，“擇丘陵而處之”“順水所向，遷城邑以避之”進行避洪，“疏九河”進行分洪，在大河兩旁留出足夠空間使水“有所休息，左右游波，寬緩而不迫”進行行蓄洪，這些都足這種思想的反映。在水土資源開發上，先秦時期，強調“斧斤以時入山林，林木不可勝用也”，“不樹者無槨”，對於保護植被、植樹育林等起到很好的作用。