關於水洞暗河不見較大入水洞口的解釋，根據1996年的研究成果得知，水洞暗河的補給是以地表水湯河為主，屬於"側向輸入"類型暗河。但我國南方的側向輸入型的地下暗河均是地表水的集中流入，即向含水層的點狀灌入式補給。因而有極其重要的"流入型洞穴"發育，就是有較大的入水洞口。而本溪水洞暗河雖獲湯河補給，但並非是集中流入式，而是分散入滲式，因而沒有重要的"流入型洞穴"發育，也就沒有較大的入水洞口了。本溪水洞的這一特異現象，為"地下河洞穴發育的系統演化"理論增添了新的深化模式"本溪水洞模式"即"分散入滲式的側向輸入類型"。
岩溶洞穴的形成，可劃分為三個階段，即早期的潛水洞階段、中期的地下水位洞、半充水洞階段和晚期的完全脫離地下水位的早洞（又稱化石洞）階段。
本溪水洞正處於中期階段，即地下水位洞穴（半充水）發育階段。而洞中西側的旱洞已進入晚期的化石洞階段，而洞口東側的銀波洞則仍處於早期的充水洞發育階段。
水洞發育的初期，是在距今40-50萬年以前的中更新世的早期，湯河水的入滲水流在進入"湯河──太子河間地段呈條帶分布的奧陶系灰岩含水層之後，由於在其下遊方向上存在較厚的石炭──二疊系砂頁岩層，是不透水層，受其影響而使岩溶水集中運動。在裂隙潛流條件下的岩滲作用應以溶蝕為主。此時水洞全充水，一直持續到距今約30萬年前的中更新世的中期，形成了水洞雛形。水洞歷經了全充水之後，不斷擴大洞道，特別是太子河的不斷下切和排泄基礎面的不斷降低，加上古氣候的影響，在距今約20-30萬年時，水洞進入了半充水狀態的"地下水位洞穴"階段，形成了暗河。當地下河洞道完全地或季節性地脫離全充水狀態之後，在地層平緩、岩性軟弱、機構破碎強烈的地段就產生了崩塌作用,從而使洞體的空間迅速增大,其洞頂的高度可達32m，是含水層地下水位從未達到過的高度。
另外，在距今約20-25萬年左右時，地表水不斷地向地下滲透的水流也開始在洞頂、洞壁活動，從而產生了最古老的以鐘乳石為主的次生化系沉積物。
在距今大約12-14萬年之間，長期排水的主洞口脫離了水流而成為乾洞口。今日的旱洞發育成新的排水口，此期間形成了6-7m厚的粉砂質粘土沖積層，並堵塞了洞穴較低矮的地段。
在晚更新世的中晚期,由於太子河水位持續下降的驅動，使水洞東側的銀波洞成為新的排泄口，西側的旱洞成為乾洞，不再排水。
全新世以來，洞口西側的旱洞形成地下潛流，直接在太子河侵蝕岸邊以泉的形式排出。
近一萬年來，水洞次生化學沉積作用在洞穴入滲相對有利的地段，形成了許多石鐘乳、鈣板和壁流石類的沉積物。
水洞的年齡
關於水洞的形成年代有過多種說法或推測：
其一，水洞形成年代約幾億年；
其二，水洞形成年代約幾千萬年；
其三，水洞形成年代約數百萬年；
其四，水洞形成年代約億萬年等等不同的推測。
其實水洞的形成年代並沒有那么久遠，據1996年本溪水洞洞穴科研成果已經準確地告訴我們，水洞開始發育於距今40-50萬年前的第四紀中更新世的早中期，經過裂隙充水和洞道擴大，形成了水洞的雛形。
在距今20-25萬年的中更新世的晚期，形成了今天這樣的地下暗河。
當您遊覽了水洞之後,一定很想知道水洞是怎么形成的，現在簡要地向您介紹一下本溪水洞的成因：
水洞的成因，根據1996年最新的權威性的研究成果得知它有三個基本有利條件：一是水洞發育在奧陶系下統馬家溝組石灰岩當中，該石灰岩層是可溶性岩層，它呈條帶狀分布在太子河和湯河的河間地帶。二是這裡的斷層、常理裂隙特別發育見有東西向、南北向、北西向和北東向四組斷裂構造。其中東西向的F1斷層幾乎與水洞的延展方向一致。斷裂構造破壞了岩石的完整性，同時也是地下水在其中運移的通道。三是在石灰岩裂隙中流動的水，是由湯河水補給的，它具有很強的溶蝕能力。
由於上述條件並存於水洞地區，湯河水在石灰岩層里流動，經過幾十萬年的溶蝕、崩塌作用，最終形成了本溪水洞──大型地下暗河型岩溶洞穴。
次生化學沉積
當洞穴受新構造運動的影響而上升，全部或部分脫離了地下水位後，它就接受地表滲流水的作用。其滲流水在石灰岩的裂隙運移的過程中發生了碳酸化反應。石灰岩的化學成分是碳酸鈣含有二氧化碳的水與碳酸鈣反應結果,生成碳酸氫鈣，因碳酸氫鈣溶解於水，它便隨滲流水繼續往下滲透。這樣裂隙不斷被溶蝕而加大。如果這種含有碳酸氫鈣的水（又稱岩溶水）從洞穴的洞頂或側壁上的裂隙滲出時，由於物理化學條件的改變，使其部分水份蒸發，結果重新在洞頂或側壁形成碳酸鈣結晶，這即是次生化學沉積物。
從洞頂向下生長的，呈鍾乳狀或圓錐狀的次生化學沉積物，稱為"石鐘乳"在地面從下往上長的呈筍狀的次生化學沉積物，稱為石筍。石鐘乳與石筍上下連線起來的稱為石柱。在側壁上形成的形狀如幃幕一樣的稱為石幔。
水洞洞穴的次生化學沉積物類型較為簡單。但在某種意義上它具有特殊的地位和別具一格的特色。
在洞頂、洞壁和河岸兩側平台上所形成的各種石鐘乳、石筍、石柱、石幔、石旗、石盾、流石壩、鈣板和石花等等。