它們有的是由重力水沉積，形成的滴石類和流石類，也有的是由非重力水沉積而成的。
１、鵝管：這是石鐘乳的最初形態，屬滴石類，在國外稱麥桿狀鐘乳石，它的直徑與水滴一樣大小。
２、石盾：這是因為它呈園盤狀的盾形板石而得名。它是一種特殊的裂隙性水流形成的。
３、石筍：是由滴水作用形成的，因其形呈筍狀而得名。
４、石柱：是石鐘乳與石筍上下連線起來呈柱形而得名。
５、斜塔：這是一根歪斜的石筍。這根石筍原本是直立在岸邊土層台地上的,因地下河水沖刷土層使台地坍塌,石筍也就傾斜了。據測定,這根石筍高3.5m,生長年齡在距今7.97萬年至2.79萬年之間，經歷了5.18萬年，其生長速度為每4年長6.76cm。
６、鐘乳石吊石柱：它原是一根石柱，豎立在岸邊土層台地上，後因地下河水把土層沖走，使石柱懸掛在洞頂而成。
７、石幔：洞壁上的石幔，是沿洞壁裂隙由連續不斷的片狀流水所形成的幔狀沉積物而得名。
８、石瀑布：是連續不斷的片狀流水所形成的瀑布狀的沉積物而得名。
９、懸石盤：底盤呈水平狀蓋板，中心有後生的鵝管，邊緣有裙狀流石或石鐘乳。它們原來是小型石柱，立在岸邊土層台地上，其底盤蓋立台面土層上。後因地下河水將其基座上土層沖刷掉，使帶有底盤的小石柱懸空而得此名。
10、北極宮：是洞中最大的一個呈廳堂狀的洞道，高32m，寬50m，面積為3768.75平方米。如此宏偉的洞道主要是由於洞頂的岩層塊狀崩塌，使洞體空間增大所致。
11、"崑崙映雪"又名"大雪山"：是水洞中最大型的列隊式堆狀石筍，它的形成主要受脈岩的影響。
地殼深處的岩漿由於侵入到馬家溝組石灰岩層中的裂隙裡邊，形成隔水層，對水洞的發育會起阻礙作用，並對洞道延伸的位置也有控制作用。
洞頂呈暗褐色的條帶就是脈岩，它沿東西向分布，因脈岩不透水，地下河受阻。要穿過脈岩就得花費更大的能量，這樣對脈岩周圍的岩石就有更大的破壞，產生塊狀崩塌，使崩塌下來的岩塊沿東西向呈列隊式展布。後來由於包氣帶水流沿灰岩與脈岩的邊界集中滲入，在其岩塊上形成鈣板，故沿分界線形成列隊式的大石筍。
12、玉象戲水、太白神筆、天生橋......
水洞最古老的鐘乳石是玉皇宮右岸距水面約18m的高台上小石筍的年齡最老，才十四萬五千歲，還不到"萬萬歲"。
洞穴生物
一般在洞穴中的動物可分三種：一是真洞穴動物。這種動物只能在洞穴中生活，離開洞穴環境在洞外就失去了生存的能力。具代表性的此類動物有：盲魚、盲鰍、蜘蛛和蚰蜒等。這類動物以眼睛明顯退化或消失，有特殊的感應器官，缺乏色素，代謝較低，生長緩慢，繁殖能力差而壽命很長為其特徵。
二是洞穴動物。這類動物的眼睛和體色發生了不同程度的變異，基本上能適應洞穴生活和繁衍後代。
三是擬洞穴動物。這類動物具有喜洞性，是一些暫居及季節性回洞內生活的動物。
水洞的洞穴生物目前在洞中發現的洞穴動物主要有：蝙幅、灶，這些動物多是從洞外遷入暫居的，或是在洞內已經適應了洞穴生馬、馬陸、蛾等。在地下河中見有魚（白漂魚）、蝦和河蚌等。從動物的眼睛和體色等器官沒有明顯變化可以看出活環境而未達到遺傳變異的擬洞洞穴動物。