隋末，太原留守李淵與其子李世民起兵太原，建立了大唐王朝。唐太宗李世民於貞觀廿年（公元646年）故地重遊，親撰《晉祠之銘並序》大碑一通。
宋仁宗趙禎於天聖年間（1023——1031年），追封唐叔虞為汾東王，並為叔虞之母邑姜，修建了規模宏大的聖母殿。重建了魚沼飛梁，祠區布局，大為改觀。元佑、紹聖年間，由善男信女募集資金，鑄靠造鐵人，築蓮花台以壯威儀。金大定八年，更在飛梁大東，增建獻殿，專為聖母子貢獻祭品。明萬曆年間，在獻殿前增建對越坊和鐘鼓樓。接著又在會仙橋的東面，重修了華麗的水鏡台供演戲之用。
又由於晉祠是晉水的源頭，人們又把與自己生活息息相關的、視為生命之源的水及水母、水神也是和叔虞、聖母一起來祭祀，並在晉水源頭建水母樓、難老泉亭。於是晉祠又成了人們舉行地雩祭的重要場所。
民間的鬼神信仰主要來源於萬物有靈論。 秦漢時好神仙、尚方術之風興盛，人們對前代神祗作了一番整理，建立了祭禮制度，並設定了大量的神祗，將多神崇拜的方式固定下來，吸引了許多民間信仰擴充了祭祀的範圍，增加了祭祀的對象，豐富了祭祀的儀式。幾乎無神不有祠，無神不致祭。於是乎晉祠以祖先、山川崇拜為主，儒、釋、道及民間諸神為輔的完善的祭祀場所逐漸形成。晉祠也就成了從玉皇大帝、太上老君、釋迦牟尼到土地神、關帝老爺至文曲星君、英雄俠女等群“仙”會聚的地方，它們無不互棄己見，各居晉祠一隅，共享人間香火。
功能與形式
祠廟建築是以精神為原動力而創造出來的。精神功能指人們的心理功能，它包括審美、認知、崇拜三個方面。祭祀是祠廟建築最初的主要功能。《祭示篇》云：“凡祭祀之義有二，一日報功，二日修先。報功以勉力，修先以崇恩，力勉恩崇功立化通聖王之務也。”對自然神的祭祀出於報功的心理，對祖先的祭祀就是修先報恩了。而民間百姓則主要出於禳災祈願的現實需要和對自然力的恐懼依賴的矛盾心理。古代人謝神和祈禱儀式是極形象而富於浪漫想像力的。《樂雅·釋天》：“春祭曰祠；夏祭曰；秋祭曰嘗；冬祭曰蒸。祭天曰燔柴；祭地曰瘞埋；祭山曰技懸；祭川浮沉；祭星曰布；祭風曰磔。”就根據所祀對象的不同採用了各不相同的象徵手法。《禮記·祭法》鄭玄注說：“廟之言貌也，宗廟者先祖之尊貌也。”最早的“先祖之尊貌”可能就是標誌生殖崇拜的靈石，宗廟之主“石”。《說文》云：“石，宗廟主也。周禮有郊宗石室；一日大石，約在漢代又演為木主，也就是後代的祖宗牌位。應祭祀功能的需求，祠祀的建築也就產生了。並隨居住、宮殿等營造技術的發展，祠祀建築也由野外的墳、壇、石進入了有頂的廟宇，又因祭祀儀式的分工專門化和古代人事死如事生的觀念又演變為寢殿、獻殿或香亭的組合群體。
禳災祈願的心理——祠祀方式——墳、壇、祜、廟宇。
晉祠一組祠祀建築可謂把祭祀功能發揮到了極至，過會仙橋西行，為古蓮花台，台為方形，四隅各鑄一鐵人護祠、鎮水，以壯威儀。穿對越坊便是獻殿、魚沼飛梁、聖母殿組成的核心群體。
獻殿、殿身三間，歇山頂、四周無牆，當心間前後辟門，其餘各間，在堅厚的檻牆上安叉子，形如一座涼亭，靈巧而豪放。敬神時，燃一炷香，那五穀之氣，便會使人置身於雲霧漫漫，青煙繚繞的神秘氯圍之中，從而使人的心靈不由自主地產生某種微妙的變化，上達於天，天人妙合。
魚沼飛梁在聖母殿與獻殿之間，古人圓者為池，方者為沼，沼中多魚，故曰：“魚沼”；其上立架十字形橋，“架虛為橋，若飛也。”故曰：“飛梁”。東西橋面寬闊，為通往聖母殿的要道，而南北橋面，下斜如鳥之兩翼，翩翩欲飛；邊綴勾欄，憑欄賞景，益增詩情畫意。建築學家梁思成先生說：“此式石柱橋，在古畫中偶見，實物則僅此一孤例，洵為可貴。”進而考其功能更似一四通之祭壇。雩祀是民間的大事，故春旱求雨，必先擇吉日，即壬辰一類屬水的日子，然後在城東築八尺見方的四通之壇，獻生魚八條，玄酒、脯肉一類以祭。在甲、乙日做一條八丈長的大青龍，置放中央，做七條四丈長的小青龍，面向東方，相隔八尺陳列車員。令兒童八人、田嗇夫八人齋戒三日，青衣立於龍旁。儀式開始，鼓樂喧天，兒童與田嗇瘋狂起舞，然後由一近迷狂狀態的伶牙俐齒的巫祝，口念祭詞，手舞足啃以請雨……。不管形式如何變化，蒼龍始終是我們民族文化一個至今不衰的母題。從“飛龍在天，利見大人”的卦辭到靈星祭雩祭，從默默無聲的神秘卦象到震耳欲聾的祭禮鼓聲，哪個不圍繞這個母題？這母題具有神奇的生命力，它沒有終止於漢代的祭祀，反而在民間穩固地生要發芽、開花結果，演成至今不衰的民俗文化形式、龍舞龍燈、龍戲珠……在當年雩祭的青龍舞，早已種下龍舞龍燈與大型龍舞的原型因子；那手舞足蹈的僮子就是後來的手執波珠的領舞者，那強悍的男嗇夫就是後來的舞龍人……
水鏡台規模壯觀，台上東部為重檐歇山頂，演戲時用為後幕，台上西部為卷棚歇山頂，面向聖母殿，三面開敞，演戲時為前台，台下埋大瓮八口，為擴音之用。在民間無論那種酬神還願的祭祀活動，總少不於表演各類舞樂，以娛神兼娛人，歷代皆然。由於古代人民生活困苦，終年辛勞，僅得一飽，閒暇有限，為了調劑生活，每每借祭祀的機會鼓舞歡慶。這種民間的迎神賽社的祭祀儀式，具有公開性、禮儀性和娛樂性的特徵〈淮南子·精神訓〉載：“今天窮鄙之社也，叩盆拊瓴，相和而歌，自為樂矣。”〈東京夢華錄〉栽北宋汴京城外神保觀神誕時的盛況：“廿四日州西灌口二郎生日，最為繁盛。廟在萬勝門外一里許，敕賜神保觀。廿三日……於殿前露台上設樂棚，教坊，鈞容直作樂，更互雜劇舞鏇……廿四日諸司及諸行百姓獻送甚多，其社火呈於露台之上。”宋元時期戲曲勃興，為適應迎神賽社時的演出需要，在露台、樂亭的基礎上分前場後幕，單面開敞的戲台。場地也由四周圍觀，進而形成有固定方向的戲場，並在各祠廟中普遍出現了。