上述轉變應該說是一個較大的改進。在縣這一級更大的行政區域內調度教育資源，較原來的制度有利於提供農村教育資金，有利於減輕鄉鎮政府和農民的負擔，也有助於緩和鄉鎮政權因向農民攤派教育經費而造成的緊張和衝突。不過，進一步的分析會使我們發現，縣一級財政的實力決定了這一新的制度的先天缺陷，由此不能抱過大的期望。
在現有的"分稅制"財政體制下，縣級財政所占份額很小，加上鄉（鎮）級財政也只超過全國財政收入的20%（中央政府占51%，省和地市兩級占27%）。在現有的2109個縣級行政區域中，財政收入超億元的縣不足600，包括574個國家級貧困縣在內，財政補貼縣多達1036個（均為1999年數據）。大部分縣連維持"吃飯財政"的水準都困難，一些縣全年的財政收入甚至不夠用於教育的支出。
基於此，絕大多數縣級財政顯然無法擔當教育經費投入主體的責任。進而言之，"以縣為主"仍然沒有擺脫教育上城鄉分割的格局，因為縣級行政區域仍然屬於"農村"，從鄉鎮為主到"以縣為主"，只是在農村內部調整教育資金的汲取和分配方式，並不能從根本上改善農村教育的基礎條件，縮小近20年來越拉越大的城鄉教育差距。從對這項制度的最大預期來說，"以縣為主"的教育財政可能緩解一縣之內教育上"貧富不均"的情況，但卻難以改變一個市或地區內部、一個省區內部、以及全國範圍內極端"貧富不均"的局面，無法消除城鄉之間教育的天壤之別。
中央政府似乎試圖通過加大財政轉移支付和對貧困地區教育援助的力度來解決"以縣為主"後農村教育財源不足的問題，但迄今為止，努力遠遠不夠："十五"期間總的投入額度只有330億元，包括總計50億元的"國家貧困地區義務教育工程"資金；每年50億元用於中西部貧困地區中國小教師工資發放的專項資金；30億元的"中國小危房改造工程"資金（xx-xx年）。這些資金只相當於數年之前國家和地方政府一年內對農民收取的"教育費附加"和教育集資的收入。而即便將所有資金--不再出現中途截留--都用於國家級貧困縣，每縣每年能夠分得的部分也只有1000多萬元，最多能解決"吃飯"問題。有鑒於此，有必要採取更大的舉措來加以調整。
一是從教育平等和縮小城鄉教育差距的理念出發，限定義務教育階段教師工資水平和生均公用經費、教學設備的最大差距，以確保農村義務教育條件的改善和城鄉義務教育階段差距的縮小。參照目前的現狀，生均公用經費差距在全國範圍內不應超過2倍，在同一省區內不應超過1倍，教師工資水平也應以不大於上述倍數為宜。當然，確定最大差距並非要將城市中國小的現有條件和教師收入砍下來，而是大幅度提高和改善農村的辦學條件。
二是按照財權和事權相對稱的原則，將過去十多年間顛倒了的權利義務關係徹底扭轉過來，明確中央政府和省級政府作為義務教育投資主體的責任和義務，而不是"以縣為主"。中央應承擔義務教育投入的50%左右，省和地市兩級承擔30%，縣鄉兩級承擔20%（其中縣承擔15%，鄉鎮承擔5%）。中央政府承擔的份額是就全國範圍而言，省和地市兩級也是就各自管轄的行政區域整體而言，並不意味著平均分配，而是結合前述第一條原則向農村和貧困地區傾斜。