2、管理上越位
《中華人民共和國土地管理法》規定“農民集體所有的土地由村集體經濟組織或村委會管理、經營，可由村集體組織的承包經營。”同時《農村土地承包法》第十條規定“國家保護承包方依法、自願、有償地進行土地承包經營權流轉。”在農業收益低下及農民對土地關愛程度偏聽偏低情況下，一些企業和農民利用自己的優勢，如資金、技術，租賃外出務工農民土地進行集中成片開發，發展規模經濟，而村委會往往越俎代皰，將外出務工農民棄耕承包田全部或部分收回調整重新對外發包，在農民不知情下越位代替農民談判、簽訂契約。農民要地，而企業和種田大戶則認為，自己在稅改前簽訂契約，是“合法”的。在越位土地流轉過程中，農田大量向企業集中，為追求利益最大化占用農田進行種花植草，使基本農田保護面臨嚴峻考驗;同時加劇了要地農民與其之間矛盾。在農村，當農田向種糧大戶集中時，就產生鄉鎮政府和村委會越俎代皰代替農民簽訂契約，履行發包方權利和義務時，必須尊重農民個人意願。而在操作規程中，未經農民同意越位代簽契約，很難保證農民自身利益。
3、管理上錯位
市場經濟下，一些農民外出務工無力耕種，有的農民過去長期拖欠稅費。有的村委會以村民“你自己不盡納稅及挑圩籌資義務，還享受什麼權益呢?”為由，強行收回農民手中的土地重新發包給其它農戶耕種，收取一定費用。另外，有的村為追求利益最大化，低價收回外出務工農民土地，高價發包給一些企業或業主種植苗木、花卉，違背了現行國家政策。
(二)亂占、圈占，浪費土地問題始終未解決
人口，這是我國對世界作出的不朽貢獻。近年來，黨中央、國務院對土地問題嚴之又嚴，高瞻遠矚，相繼作出一系列重大決策。緊守這一條耕地保護“紅線”。是歷史和現實的客觀需求，也是踐行科學發展觀的根本要求。但近年來，我國各地小城鎮建設如火如荼之勢，許多鄉鎮城鎮化面貌日新月異，千百年來農民習慣於的“鄉土社會”正轉型為“城鎮社會”，對於不少鄉鎮經濟與社會發展來說，發展小城鎮無疑是一個“大戰略”，同樣具體到每個小城鎮的建設也有個“戰略問題”。這就是在每個小城鎮建設過程中，如何保護好耕地問題。統籌城鄉經濟社會發展，加快小城鎮進程，為全面建設小康社會提供物質技術基礎和生態環境雙重保障任務，就必須堅持在發展中保護耕地，把青山綠水留給子孫後代，把美好家園獻給人民民眾。土地是最稀缺的不可再生資源。但只顧眼前，不顧將來的亂占耕地在農村還依然普遍存在。個私企業異軍突起，無疑要占用農地，同時勢必造成大量耕地閒置浪費;農村“空心村”存在，農民建房棄舊建新，造成村莊漸漸向外擴張，侵占農田;更有些地方本著經營城市就是經營土地的觀念，發展經濟就打土地主意，依靠土地作交易，造成耕地銳減。
(三)失地農民問題成為日趨嚴峻的問題
土地承載著農民諸多希冀，承擔著農民社會保障功能，如土地為農民提供了生活保障;土地作為一種商品，由於價格上漲具有增值的功能，農民子孫後代對土地擁有繼承權。城鎮化過程中，許多農民五彩繽紛、多姿多彩的夢想被擊碎，農民失去集養老、就業、生活保障於一體的土地後，卻不能和城裡人一樣擁有社會保障。在現行征地貨幣安置方式中，失地農民極易成為“種田無地，上班無崗，低保無份”的“三無”人員，成為新的城市貧民，同時也給社會穩定帶來不安定因素。一次性補償,其補償標準雖然相對於過去也“水漲船高”,但與土地非農升值相比，差之甚遠。計畫經濟下的一次性補償,其標準低,不全面,一旦補償費用光,生活無保障,農民心理上不能接受。對補償低，農民反映強烈，不願田被征。另外農村土地在被征過程中存在著同地不同價現象，鄉鎮之間相比，有的每畝5000元，有的僅3000元。其補償標準地區差異懸殊。千百年來農民信奉“不患寡就患不均”，因土地補償標準差異，誘發農民攀比心理。