1、結算隊伍建設滯後。網上銀行結算業務量隨著經濟的發展而迅速增加，網上銀行結算管理的任務不斷加重，然而專業結算人員素質不高，這種狀況，必然削弱網上銀行結算管理，成為違章違紀行為經常發生的一個原因。結算人員替客戶保管證書，很容易引發網上銀行結算風險，這樣無形當中增加了經辦人員錯弊的可能性，同時也為作案人員創造了機會。
2、內部檢查力度不夠。一些行由於會計檢查人員配備不足，會計檢查人員水平有限，會計檢查輔導內部檢查的頻率和覆蓋面均未涉及網上銀行結算，未達到一個合理的水平，無法及時發現網上銀行結算工作中存在的問題。
3、重行銷輕管理，風險意識不到位。近年來，網上電子銀行的行銷作為一項指標與支行掛鈎，部分行銷人員缺乏防範意識，為完成任務指標往往在手續不全的情況下為客戶註冊網上銀行，一旦發生風險無法補救。
三、網上電子銀行結算風險的防範措施
（一）客戶自身風險的防範。一是在向客戶行銷時作好調查，企業財務管理情況、企業財務人員電腦水平有多高要了如指掌。二是向客戶做好培訓工作，一定要教會教懂。三是一定要提醒客戶進行必要的風險防範。
（二）銀行內部操作風險防範。一是統一開戶資料的核驗標準。嚴格按照制度和操作流程辦理業務。堅持按制度辦理業務是規避風險的有效手段。二是增強員工的業務素質和案防意識。只有熟知制度和業務操作流程，才能掌握風險點，控制業務風險。對此，必須加強員工培訓學習，建立學習制度，使業務學習經常化、規範化。另外，要加強風險教育工作，結合實際案件揭示各項業務的風險點，讓員工真正理解制度，做到“知其然知其所以然”，減少和避免對制度的牴觸情緒。三是加強內部檢查力度。目前對網上銀行電子結算檢查環節比較薄弱，檢查頻率、深度不夠。
（三）黑客惡意攻擊風險防範。一是加大金融知識宣傳力度。採取多種形式進行業務宣傳，對開戶企業寄送網銀資料，利用客戶回訪或與企業座談等宣傳網上銀行的強大功能與優勢，使客戶感受到網銀的便利與特點，同時也使企業法人及財務人員了解企網特點與風險點，增強企業領導和財務人員風險意識。二是提請客戶識別假網站，安裝防病毒軟體。三是營業網點大堂經理做好大堂秩序維護，防止閒雜人等混入銀行伺機作案，同時提醒客戶開戶信息不要隨意丟棄。